ISO 16140-3:2021/Amd 1:2025
(Amendment)Microbiology of the food chain — Method validation — Part 3: Protocol for the verification of reference methods and validated alternative methods in a single laboratory — Amendment 1: Protocol for verification of validated identification methods of microorganisms
Microbiology of the food chain — Method validation — Part 3: Protocol for the verification of reference methods and validated alternative methods in a single laboratory — Amendment 1: Protocol for verification of validated identification methods of microorganisms
Microbiologie de la chaîne alimentaire — Validation des méthodes — Partie 3: Protocole pour la vérification dans un seul laboratoire de méthodes de référence et de méthodes alternatives validées — Amendement 1: Protocole pour la vérification des méthodes validées d’identification des micro-organismes
General Information
Relations
Standards Content (Sample)
International
Standard
ISO 16140-3
First edition
Microbiology of the food chain —
2021-01
Method validation —
AMENDMENT 1
Part 3:
2025-08
Protocol for the verification of
reference methods and validated
alternative methods in a single
laboratory
AMENDMENT 1: Protocol for
verification of validated identification
methods of microorganisms
Microbiologie de la chaîne alimentaire — Validation des
méthodes —
Partie 3: Protocole pour la vérification dans un seul laboratoire
de méthodes de référence et de méthodes alternatives validées
AMENDEMENT 1: Protocole pour la vérification des méthodes
validées d’identification des micro-organismes
Reference number
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(en) © ISO 2025
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(en)
© ISO 2025
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Published in Switzerland
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ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(en)
Foreword
ISO (the International Organization for Standardization) is a worldwide federation of national standards
bodies (ISO member bodies). The work of preparing International Standards is normally carried out through
ISO technical committees. Each member body interested in a subject for which a technical committee
has been established has the right to be represented on that committee. International organizations,
governmental and non-governmental, in liaison with ISO, also take part in the work. ISO collaborates closely
with the International Electrotechnical Commission (IEC) on all matters of electrotechnical standardization.
The procedures used to develop this document and those intended for its further maintenance are described
in the ISO/IEC Directives, Part 1. In particular, the different approval criteria needed for the different types
of ISO document should be noted. This document was drafted in accordance with the editorial rules of the
ISO/IEC Directives, Part 2 (see www.iso.org/directives).
ISO draws attention to the possibility that the implementation of this document may involve the use of (a)
patent(s). ISO takes no position concerning the evidence, validity or applicability of any claimed patent
rights in respect thereof. As of the date of publication of this document, ISO had not received notice of (a)
patent(s) which may be required to implement this document. However, implementers are cautioned that
this may not represent the latest information, which may be obtained from the patent database available at
www.iso.org/patents. ISO shall not be held responsible for identifying any or all such patent rights.
Any trade name used in this document is information given for the convenience of users and does not
constitute an endorsement.
For an explanation of the voluntary nature of standards, the meaning of ISO specific terms and expressions
related to conformity assessment, as well as information about ISO’s adherence to the World Trade
Organization (WTO) principles in the Technical Barriers to Trade (TBT), see www.iso.org/iso/foreword.html.
This document was prepared by Technical Committee ISO/TC 34, Food products, Subcommittee SC 9,
Microbiology, in collaboration with the European Committee for Standardization (CEN) Technical Committee
CEN/TC 463, Microbiology of the food chain, in accordance with the Agreement on technical cooperation
between ISO and CEN (Vienna Agreement).
A list of all parts in the ISO 16140 series can be found on the ISO website.
Any feedback or questions on this document should be directed to the user’s national standards body. A
complete listing of these bodies can be found at www.iso.org/members.html.
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ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(en)
Microbiology of the food chain — Method validation —
Part 3:
Protocol for the verification of reference methods and
validated alternative methods in a single laboratory
AMENDMENT 1: Protocol for verification of validated
identification methods of microorganisms
Introduction (0.1), first paragraph
Replace the third sentence with:
The ISO 16140 series consists of several parts with the general title, Microbiology of the food chain — Method
validation:
Add the following text after the sixth list item:
— Part 7: Protocol for the validation of identification methods of microorganisms.
Introduction (0.1), sixth paragraph
Replace the reference to ISO 17468:2016, 3.5, with:
In the ISO 16140 series, reference methods include standardized reference (ISO and CEN) methods as
defined in ISO 17468:2023, 3.7, as a “reference method described in a standard”.
Introduction (0.1), tenth paragraph
Replace the first sentence with:
ISO 16140-6 and ISO 16140-7 are somewhat different from the other parts in the ISO 16140 series in that
they relate to very specific situations. ISO 16140-6 is restricted to the confirmation procedure of a method
to be validated [e.g. the biochemical confirmation of Enterobacteriaceae (see ISO 21528-2)].
Replace the verb “defines” with “specifies” in the fourth sentence:
The validation study in ISO 16140-6 clearly specifies the selective agar(s) from which strains can be
confirmed using the alternative confirmation method.
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(en)
Introduction (0.1), Figure 2
Replace Figure 2 with:
Figure 2 — Use of validated alternative confirmation methods (see ISO 16140-6)
Introduction (0.1), Example
Number the example to Example 1:
EXAMPLE 1 An example application of a validated alternative confirmation method is as follows:
Introduction (0.1), after the last paragraph
Add the following text in the end of 0.1:
ISO 16140-7 addresses the validation of identification procedures (e.g. molecular identification using
multiplex PCR or DNA sequencing or mass spectrometry). ISO 16140-7 differs from the other parts in the
ISO 16140 series, as it is intended for microbial identification for which there is no reference method and,
therefore, it is not possible to run a method comparison study. The validation study in ISO 16140-7 specifies
the identification method principle, the identification database and algorithm when appropriate, and the
agar(s) from which strains can be identified. If properly characterized and successfully validated, the
identification method can only be validly used on strains recovered on the agars covered and shown to have
been acceptable within the validation study.
NOTE 3 Whole-genome sequencing (WGS) in accordance with ISO 23418 will eventually be a reference method
for all microorganisms, but the implementation of this technique is still at an early stage. Therefore, the use of WGS
cannot currently be requested as a reference method for a large panel of strains.
ISO 16140-7:2024, Figure 3, shows the possibilities where an alternative confirmation method validated
in accordance with ISO 16140-6 and an alternative identification method validated in accordance with
ISO 16140-7 can be applied within a reference method or an ISO 16140-2 validated detection or enumeration
method. The result provided by the ISO 16140-7 validated method can be considered as additional
information on the identity of the tested colony(ies); this result cannot be taken as a confirmation result.
When there is a discrepancy between the results of the ISO 16140-6 validated method and the ISO 16140-7
validated method, a root cause analysis is conducted. An ISO 16140-7 validated method can also be used to
identify colonies within methods that do not require a confirmation step.
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(en)
If the identification method is also validated in accordance with ISO 16140-6, the same method can be used
for both, confirmation and identification.
When a confirmation method is used, it is possible to apply an identification method validated in accordance
with ISO 16140-7 for further identification.
EXAMPLE 2 An alternative confirmation method of Campylobacter genus can be validated in accordance with
ISO 16140-6 and compared to the mandatory confirmation procedure at the genus level described in ISO 10272-1.
The identification at the Campylobacter species level is optional in ISO 10272-1 and ISO 10272-2 and is therefore not
mandatory. In this instance, an identification method at the Campylobacter species level can be validated in accordance
with ISO 16140-7. If the method is validated by ISO 16140-6 and ISO 16140-7, it can be used for both confirmation and
identification purposes.
Introduction (0.2), second paragraph
Add the following text as the last list item:
— ISO 16140-7 for identification methods.
Clause 1, last paragraph
Add the following text before the last sentence:
The technical protocol for the verification of validated identification methods is described in Clause 9.
Clause 3
Add the following definitions:
3.22
agreement
identification agreement
method under validation study provides the same identification result as the assigned, i.e. original,
identification of the tested strain
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.2]
3.23
assigned identity
result of the microorganism identification displaying generally accepted molecular and/or biochemical
characteristics
[21]
EXAMPLE Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria.
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.3]
3.24
deviation
identification deviation
method under validation study does not provide the same identification result as the assigned, i.e. original,
identification of the tested strain
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.7]
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(en)
3.25
identification method
method submitted for validation
method of analysis that provides the name (identity) of the microorganism (e.g. species or higher taxonomy
ranking level)
Note 1 to entry: The method can be non-proprietary or proprietary.
Note 2 to entry: The methods can be based on various principles (e.g. phenotypic and molecular principles).
Note 3 to entry: The identification of microorganisms can help for example in determining whether it is a safety
or spoilage concern, or is a specific technological or probiotic strain, or is likely to be resistant to an inactivation
treatment.
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.10]
Clause 8
Add a line to Table 16:
Identification method Panel of strains 100 % agreement
Clause 9
Add the following text:
9 Validated identification methods — Technical protocol for verification
9.1 General
The verification of validated identification methods only requires implementation verification. The sample
is an isolated colony on defined selective or non-selective agar plates.
9.2 Implementation verification
Implementation verification aims to demonstrate the competence of the user laboratory to perform the
validated identification method. This is achieved by its ability to obtain the expected results on an isolated
colony from specified selective or non-selective agar(s).
The user laboratory shall:
— review the validation data for the method (the validation data can be obtained from the alternative
methods validation report).
— select the selective agar plate(s) tested during the validation study that belongs within the scope of the
laboratory; if multiple selective agar plates were tested, a combination of all plates tested shall be used
in the implementation study; whenever possible and relevant for the scope of laboratory application, test
mainly the selective agar plate(s).
— use this selective agar plate(s) to perform implementation verification. If no selective agar plate was
tested, select and use one non-selective agar plate tested during the validation study to perform the
implementation verification.
NOTE 1 Selective agars can enable the recovery of microorganisms from specific clades, (i) family, (ii) genus or
group of species (e.g. Bacillus cereus group). In this document, “group of species” is substituted with “genus” to improve
readability. However, the word “genus” is interchangeable with “group of species”.
NOTE 2 Detailed examples on verification of a validated identification method are given in Annex G.
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9.3 Experimental design
9.3.1 General
The set of strains to be tested depends on the scope of the validated method and the scope of laboratory
application. For the implementation verification, the number of strains to be tested is given in Table 17. The
number of strains to be tested depends on the scope of the validated identification to be verified and the
scope of the laboratory. If the identification method covers multiple families, genera and species, 15 strains
shall be tested and as much as possible from different families, genera and species. If the identification
method is restricted to multiple genera within one single family, 10 different strains shall be tested and
as much as possible from different genera and species. If the identification method is restricted to multiple
species within one single genus, 5 different strains shall be tested and as much as possible from different
species.
Select test strains able to recover on the tested selective agar(s).
Table 17 — Number of strains for implementation verification of validated identification methods
Scope of the validated identification method Number of strains to be tested
Species from multiple families and genera 15
Species from multiple genera within one family 10
Species from one genus 5
9.3.2 Strain selection
Strains can be from:
— culture collections;
— user laboratory collection;
— reference materials (including commercial reference materials, e.g. freeze-dried strains).
The selection of the strains shall be based on the strains tested in the validation study. Each strain shall
be characterized in sufficient detail for its assigned identity to be known using relevant phenotypic or
molecular tests. The method or the method principle used for the identification shall be known. The majority
should preferably originate from the (food) categories within the scope of laboratory application and cover
the encountered biodiversity in the testing laboratory.
9.4 Evaluation of results
Test the selected strains according to the validated identification method being verified.
Tabulate the results as shown in Table 18. Report the identification agreements [IA] and identification
deviations [ID] between the expected identification result and the result of the identification method being
verified. Also report the strains that are not identified.
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Table 18 — Overview of verification results for a validated identification method
Tested Agar(s) used Identity of the strain Identity of the strain Interpretation
strain to recover the by the method being of results
Assigned identity Origin of the
a
strain verified (IA/ID/N )
strain
Etc.
Key
IA: identification agreement, ID: identification deviation, N : no identification.
a
Include results with no identification.
NOTE Assigned identity of the individual strains are, as a minimum: the name of the strain, (culture) collection number and
origin of the strain. Other available characteristics can also be added.
9.5 Acceptability limit
The result of the identification method being verified shall be the same as the expected identification result
for all strains tested. Therefore, there should be 100 % agreement.
9.6 Root cause analysis
When the result does not meet the acceptance limit, perform a root cause analysis in order to provide an
explanation for the observed results.
The root cause analysis shall be conducted to determine concerns such as (but not limited to):
— analytical error due to poor laboratory practice;
— the formulation of culture medium/media;
— the performance testing for the quality assurance of culture medium/media;
— the original identity of test strains.
After Annex F
Add the following annex after Annex F and before the Bibliography:
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Annex G
(informative)
Validated identification method verification — Examples
G.1 Alternative identification method verification — First example with multiple
genera from a single family
This subclause shows an example of the verification of a validated identification method, which was
validated in accordance with ISO 16140-7. The scope of the validated identification method covers:
— Lactobacillaceae;
— one selective agar plate together with non-selective agar plates, i.e. De Man, Rogosa and Sharpe agar (MRS).
Select a variety of 10 strains of various genera from the Lactobacillaceae family and test the selective agar
plate. Test as many genera and species as possible.
Test the selected panel of strains according to the identification method being verified.
The verification results are tabulated in Table G.1.
Table G.1 — Overview of verification results for the validated identification method
(first example with multiple genera from a single family)
Tested Agar(s) used Identity of the strain Identity of the Interpretation
strain to recover strain by the of results
Assigned identity Origin of the strain
the strain method being (IA/ID/N )
a
verified
b
1 MRS Furfurilactobacillus Culture collection Furfurilactobacillus IA
T
rossiae DSM 15814 rossiae
2 MRS Lactobacillus bulgari Laboratory collection Lactobacillus bulgari IA
LAB 56
3 MRS Lactobacillus acido- Laboratory collection Lactobacillus acido- IA
philus
...
Norme
internationale
ISO 16140-3
Première édition
Microbiologie de la chaîne
2021-01
alimentaire — Validation des
méthodes —
AMENDEMENT 1
2025-08
Partie 3:
Protocole pour la vérification dans
un seul laboratoire de méthodes
de référence et de méthodes
alternatives validées
AMENDEMENT 1: Protocole pour la
vérification des méthodes validées
d’identification des micro-organismes
Microbiology of the food chain — Method validation —
Part 3: Protocol for the verification of reference methods and
validated alternative methods in a single laboratory
AMENDMENT 1: Protocol for verification of validated
identification methods of microorganisms
Numéro de référence
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr) © ISO 2025
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr)
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© ISO 2025
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publication ne peut être reproduite ni utilisée sous quelque forme que ce soit et par aucun procédé, électronique ou mécanique,
y compris la photocopie, ou la diffusion sur l’internet ou sur un intranet, sans autorisation écrite préalable. Une autorisation peut
être demandée à l’ISO à l’adresse ci-après ou au comité membre de l’ISO dans le pays du demandeur.
ISO copyright office
Case postale 401 • Ch. de Blandonnet 8
CH-1214 Vernier, Genève
Tél.: +41 22 749 01 11
E-mail: copyright@iso.org
Web: www.iso.org
Publié en Suisse
ii
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr)
Avant-propos
L’ISO (Organisation internationale de normalisation) est une fédération mondiale d’organismes nationaux
de normalisation (comités membres de l’ISO). L’élaboration des Normes internationales est en général
confiée aux comités techniques de l’ISO. Chaque comité membre intéressé par une étude a le droit de faire
partie du comité technique créé à cet effet. Les organisations internationales, gouvernementales et non
gouvernementales, en liaison avec l’ISO participent également aux travaux. L’ISO collabore étroitement avec
la Commission électrotechnique internationale (IEC) en ce qui concerne la normalisation électrotechnique.
Les procédures utilisées pour élaborer le présent document et celles destinées à sa mise à jour sont
décrites dans les Directives ISO/IEC, Partie 1. Il convient, en particulier, de prendre note des différents
critères d’approbation requis pour les différents types de documents ISO. Le présent document a
été rédigé conformément aux règles de rédaction données dans les Directives ISO/IEC, Partie 2 (voir
www.iso.org/directives).
L’ISO attire l’attention sur le fait que la mise en application du présent document peut entraîner l’utilisation
d’un ou de plusieurs brevets. L’ISO ne prend pas position quant à la preuve, à la validité et à l’applicabilité de
tout droit de brevet revendiqué à cet égard. À la date de publication du présent document, l’ISO n’avait pas
reçu notification qu’un ou plusieurs brevets pouvaient être nécessaires à sa mise en application. Toutefois,
il y a lieu d’avertir les responsables de la mise en application du présent document que des informations
plus récentes sont susceptibles de figurer dans la base de données de brevets, disponible à l’adresse
www.iso.org/brevets. L’ISO ne saurait être tenue pour responsable de ne pas avoir identifié tout ou partie de
tels droits de propriété.
Les appellations commerciales éventuellement mentionnées dans le présent document sont données pour
information, par souci de commodité, à l’intention des utilisateurs et ne sauraient constituer un engagement.
Pour une explication de la nature volontaire des normes, la signification des termes et expressions
spécifiques de l’ISO liés à l’évaluation de la conformité, ou pour toute information au sujet de l’adhésion de
l’ISO aux principes de l’Organisation mondiale du commerce (OMC) concernant les obstacles techniques au
commerce (OTC), voir www.iso.org/avant-propos.
Le présent document a été élaboré par le comité technique ISO/TC 34, Produits alimentaires, sous-comité SC 9,
Microbiologie, en collaboration avec le comité technique CEN/TC 463, Microbiologie de la chaîne alimentaire,
du Comité européen de normalisation (CEN) conformément à l’Accord de coopération technique entre l’ISO
et le CEN (Accord de Vienne).
Une liste de toutes les parties de la série ISO 16140 se trouve sur le site web de l’ISO.
Il convient que l’utilisateur adresse tout retour d’information ou toute question concernant le présent
document à l’organisme national de normalisation de son pays. Une liste exhaustive desdits organismes se
trouve à l’adresse www.iso.org/fr/members.html.
iii
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr)
Microbiologie de la chaîne alimentaire — Validation des
méthodes —
Partie 3:
Protocole pour la vérification dans un seul laboratoire de
méthodes de référence et de méthodes alternatives validées
AMENDEMENT 1: Protocole pour la vérification des méthodes
validées d’identification des micro-organismes
Introduction (0.1), premier alinéa
Remplacer la troisième phrase par:
La série ISO 16140 comprend plusieurs parties ayant le titre général, Microbiologie de la chaîne alimentaire —
Validation des méthodes:
Ajouter le texte suivant après le sixième élément de liste:
— Partie 7: Protocole pour la validation de méthodes d’identification des micro-organismes.
Introduction (0.1), sixième alinéa
Remplacer la référence l’ISO 17468:2016, 3.5, par:
Dans la série ISO 16140, les méthodes de référence comprennent les méthodes de référence normalisées (ISO et
CEN) telles que définies dans l’ISO 17468:2023, 3.7, en tant que «méthode de référence décrite dans une norme».
Introduction (0.1), dixième alinéa
Remplacer la première phrase par:
L’ISO 16140-6 et l’ISO 16140-7 sont quelque peu différentes des autres parties de la série ISO 16140 car elles
concernent des situations très spécifiques.
L’ISO 16140-6 est limitée au mode opératoire de confirmation d’une méthode à valider [par exemple, la
confirmation biochimique des Enterobacteriaceae (voir l’ISO 21528-2)].
Remplacer le verbe «définit» par «spécifie» dans la quatrième phrase:
L’étude de validation de l’ISO 16140-6 spécifie clairement la ou les géloses sélectives à partir desquelles les
souches peuvent être confirmées en utilisant la méthode alternative de confirmation.
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr)
Introduction (0.1), Figure 2
Remplacer la Figure 2 par:
Figure 2 — Utilisation de méthodes alternatives de confirmation (voir l’ISO 16140-6)
Introduction (0.1), Exemple
Numéroter l’exemple en tant qu’EXEMPLE 1:
EXEMPLE 1 Un exemple d’application d’une méthode alternative de confirmation validée est donné ci-après.
Introduction (0.1), après le dernier alinéa
Ajouter le texte suivant à la fin de 0.1:
L’ISO 16140-7 concerne la validation des modes opératoires d’identification (par exemple, identification
moléculaire par PCR multiplex, séquençage ADN ou spectrométrie de masse). L’ISO 16140-7 diffère des autres
parties de la série ISO 16140 car elle est conçue pour une identification microbienne pour laquelle il n’existe
pas de méthode de référence et, par conséquent, ne permet pas d’effectuer une étude de comparaison des
méthodes. L’étude de validation de l’ISO 16140-7 spécifie le principe de la méthode d’identification, la base
de données d’identification et l’algorithme d’identification, le cas échéant, ainsi que la ou les géloses à partir
desquelles les souches peuvent être identifiées. Si elle est correctement caractérisée et validée, la méthode
d’identification ne peut être utilisée avec fiabilité que sur les souches récupérées sur les géloses concernées
et jugées acceptables lors de l’étude de validation.
NOTE 3 Tôt ou tard, le séquençage de génome complet (SGC) selon l’ISO 23418 sera une méthode de référence pour
tous les micro-organismes, mais la mise en œuvre de cette technique en est encore à ses débuts. Par conséquent, il est
actuellement impossible d’exiger d’utiliser le SGC comme méthode de référence pour de nombreux types de souches.
La Figure 3 de l’ISO 16140-7:2024 illustre les possibilités pour qu’une méthode alternative de confirmation
validée conformément à l’ISO 16140-6 et une méthode alternative d’identification validée conformément à
l’ISO 16140-7 puissent être appliquées dans une méthode de référence ou dans une méthode de détection ou
de dénombrement validée de l’ISO 16140-2. Le résultat fourni par la méthode validée de l’ISO 16140-7 peut
être considéré comme un supplément d’informations concernant l’identité de la ou des colonies soumises
à essai; ce résultat ne peut pas être pris comme résultat de confirmation. En cas de divergence entre les
résultats de la méthode validée de l’ISO 16140-6 et ceux de la méthode validée de l’ISO 16140-7, une analyse
des causes doit être effectuée. Une méthode validée de l’ISO 16140-7 peut être également utilisée pour
identifier les colonies dans les méthodes qui ne nécessitent pas d’étape de confirmation.
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr)
Si la méthode d’identification est également validée conformément à l’ISO 16140-6, cette même méthode
peut être utilisée à la fois pour la confirmation et l’identification.
Lorsqu’une méthode de confirmation est utilisée, il est possible d’appliquer une méthode d’identification
validée conformément à l’ISO 16140-7 pour une identification complémentaire.
EXEMPLE 2 Une méthode de confirmation alternative du genre Campylobacter peut être validée conformément
à l’ISO 16140-6 et comparée au mode opératoire de confirmation obligatoire au niveau du genre décrit dans
l’ISO 10272-1. L’identification au niveau de l’espèce Campylobacter est facultative dans l’ISO 10272-1 et l’ISO 10272-2.
Elle n’est donc pas obligatoire. Dans ce cas, une méthode d’identification au niveau de l’espèce Campylobacter peut être
validée conformément à l’ISO 16140-7. Si la méthode est validée conformément à l’ISO 16140-6 et à l’ISO 16140-7, elle
peut être utilisée à des fins de confirmation et d’identification.
Introduction (0.2), deuxième alinéa
Ajouter le texte suivant comme dernier élément de liste:
— l’ISO 16140-7 pour les méthodes d’identification.
Article 1, dernier alinéa
Ajouter le texte suivant avant la dernière phrase:
Le protocole technique pour la vérification de méthodes validées d’identification est décrit à l’Article 9.
Article 3
Ajouter les définitions suivantes:
3.22
accord
accord d’identification
méthode qui, dans le cadre d’une étude de validation, fournit le même résultat d’identification que l’identité
assignée, c’est-à-dire originale, de la souche soumise à essai
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.2]
3.23
identité assignée
résultat de l’identification du micro-organisme présentant des caractéristiques moléculaires et/ou
biochimiques généralement reconnues
[21]
EXEMPLE Manuel de systématique des archées et des bactéries de Bergey.
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.3]
3.24
déviation
déviation d’identification
méthode qui, dans le cadre d’une étude de validation, ne fournit pas le même résultat d’identification que
l’identité assignée, c’est-à-dire originale, de la souche soumise à essai
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.7]
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr)
3.25
méthode d’identification
méthode soumise à validation
méthode d’analyse qui fournit le nom (l’identité) du micro-organisme (par exemple, l’espèce ou le rang
taxonomique supérieur)
Note 1 à l'article: La méthode peut être une méthode commerciale ou non.
Note 2 à l'article: Les méthodes peuvent être basées sur plusieurs principes (par exemple, principes phénotypiques et
moléculaires).
Note 3 à l'article: L’identification des micro-organismes peut aider à déterminer s’il s’agit d’un risque sanitaire ou
de contamination, de la présence d’une souche spécifique utilisée en biotechnologie ou d’un probiotique, ou de la
propension à la résistance à un traitement d’inactivation, par exemple.
[SOURCE: ISO 16140-7:2024, 3.10]
Article 8
Ajouter une ligne dans le Tableau 16:
Méthode d’identification Type de souches 100 % d’accord
Article 9
Ajouter le texte suivant:
9 Méthodes d’identification validées — Protocole technique pour la vérification
9.1 Généralités
La vérification de méthodes d’identification validées nécessite uniquement une vérification de la mise en
œuvre. L’échantillon est une colonie isolée sur des boîtes définies de gélose sélective ou non sélective.
9.2 Vérification de la mise en œuvre
La vérification de la mise en œuvre sert à prouver que le laboratoire utilisateur est capable d’appliquer
la méthode validée d’identification. Cela est prouvé par sa capacité à obtenir les résultats prévus sur une
colonie isolée sur une ou des géloses sélectives ou non sélectives spécifiées.
Le laboratoire utilisateur doit:
— examiner les données de validation de la méthode (les données de validation peuvent être obtenues à
partir du rapport de validation des méthodes alternatives).
— sélectionner la ou les boîtes de gélose sélective, soumises à essai pendant l’étude de validation, qui
appartiennent au domaine d’application du laboratoire; si plusieurs boîtes de gélose sélective ont été
soumises à essai, une combinaison de toutes les boîtes soumises à essai doit être utilisée lors de l’étude
de mise en œuvre; dans la mesure du possible et si cela est pertinent pour le domaine d’application du
laboratoire, soumettre à essai principalement la ou les boîtes de gélose sélective.
— utiliser cette ou ces boîtes de gélose sélective pour effectuer la vérification de la mise en œuvre. Si aucune
boîte de gélose sélective n’a été soumise à essai, sélectionner et utiliser une boîte de gélose non sélective
soumise à essai pendant l’étude de validation pour effectuer la vérification de mise en œuvre.
NOTE 1 Les géloses sélectives peuvent permettre de récupérer les micro-organismes de clades spécifiques, (i)
famille, (ii) genre ou groupe d’espèces (par exemple, groupe Bacillus cereus). Dans le présent document, «groupe
d’espèces» est remplacé par «genre» pour une meilleure compréhension. Toutefois, le mot «genre» peut être remplacé
par «groupe d’espèces».
ISO 16140-3:2021/Amd.1:2025(fr)
NOTE 2 L’Annexe G donne des exemples détaillés sur la vérification d’une méthode d’identification validée.
9.3 Protocole d’étude
9.3.1 Généralités
Le groupe de souches à soumettre à essai dépend du domaine d’application de la méthode validée et du
domaine d’application du laboratoire. Pour la vérification de la mise en œuvre, le nombre de souches à
soumettre à essai est donné dans le Tableau 17. Le groupe de souches à soumettre à essai dépend du domaine
d’application de la méthode d’identification validée et du domaine d’application du laboratoire. Si la méthode
d’identification couvre plusieurs familles, genres et espèces, 15 souches doivent être soumises à essai et
autant que possible de différentes familles, genres et espèces. Si la méthode d’identification est restreinte
à plusieurs genres d’une seule famille, 10 souches différentes doivent être soumises à essai et autant que
possible de différents genres et espèces. Si la méthode d’identification est restreinte à plusieurs espèces d’un
seul genre, 5 souches différentes doivent être soumises à essai et autant que possible de différentes espèces.
Sélectionner des souches d’essai capables d’être récupérées sur la ou les géloses sélectives soumises à essai.
Tableau 17 — Nombre de souches pour la vérification de la mise en œuvre des méthodes
d’identification validées
Domaine d’application de la méthode Nombre de souches à soumettre à essai
d’identification validée
Espèces provenant de plusieurs familles et genres 15
Espèces provenant de plusieurs genres d’une seule famille 10
Espèces provenant d’un genre 5
9.3.2 Sélection des souches
Les souches peuvent provenir:
— de collections de culture;
— de collections du laboratoire utilisateur;
— de matériaux de référence (y compris les matériaux de référence commerciaux, par exemple des souches
lyophilisées).
La sélection des souches doit être basée sur les souches soumises à essai pendant l’étude de validation.
Chaque souche doit être caractérisée selon un degré de détail suffisant pour connaître son identité assignée
à l’aide d’essais phénotypiques ou moléculaires pertinents. La méthode ou le principe de la méthode utilisé
pour l’identification doit être connu. Il convient que la majorité provienne de préférence des catégories
(d’aliments) appartenant au domaine d’application du laboratoire et couvre la biodiversité observée dans le
laboratoire d’essai.
9.4 Évaluation des résultats
Soumettre à essai les souches sélectionnées conformément à la méthode d’identification validée vérifiée.
Présenter les résultats sous forme de tableau conformément au Tableau 18. Consigner les accords
d’identification [IA] et les déviations déviation d’identification [ID] entre le résultat d’identification prévu et
le résultat de la méthode d’identification vérifiée. Consigner également les souches non identifiées.
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Tableau 18 — Vue d’ensemble des résultats de la vérification pour une méthode d’identification validée
Souche Géloses uti- Identité de la souche Identité de la souche Interprétation
soumise à lisées pour par la méthode des résultats
Identité assignée Origine de la
a
essai récupérer la (IA/ID/N )
vérifiée
souche
souche
Etc.
Légende
IA: accord d’identification, ID: déviation d’identification, N : pas d’identification.
a
Inclure les résultats sans identification.
NOTE L’identité assignée des souches individuelles est au moins la suivante: nom de la souche, numéro de la collection (de culture)
et origine de la souche. D’autres caractéristiques disponibles peuvent également être ajoutées.
9.5 Limite d’acceptabilité
Le résultat de la méthode d’identification vérifiée doit être identique au résultat d’identification prévu pour
toutes les souches soumises à essai. Il convient donc d’obtenir un accord de 100 %.
9.6 Analyse des causes
Lorsque le résultat n’est pas conforme à la limite d’acceptabilité, effectuer une analyse des causes pour
fournir une explication sur les résultats observés.
L’analyse des causes doit être réalisée pour déterminer les problèmes suivants (entre autres):
— erreur analytique due à un manquement aux bonnes pratiques de laboratoire;
— formulation du ou des milieux de culture;
— essais de performance pour l’assurance qualité des milieux de culture;
— identité origine des souches d’essai.
Après l’Annexe F
Ajouter l’annexe suivante après l’Annexe F, et avant la Bibliographie:
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Annexe G
(informative)
Vérification de la méthode d’identification validée — Exemples
G.1 Vérification de la méthode d’identification alternative — Premier exemple avec
plusieurs genres d’une seule famille
Ce paragraphe illustre un exemple de la vérification d’une méthode d’identification validée conformément à
l’ISO 16140-7. Le domaine d’application de la méthode d’identification validée couvre:
— Lactobacillaceae;
— une boîte de gélose sélective ainsi que des boîtes de gélose non sélective, notamment la gélose De Man,
Rogosa et Sharpe (MRS).
Sélectionner un lot de 10 souches de différents genres de la famille Lactobacillaceae et soumettre à essai la
boîte de gélose sélective. Soumettre à essai autant de genres et d’espèces que possible.
Soumettre à essai le lot de souches sélectionnées conformément à la méthode d’identification vérifiée.
Les résultats de la vérification sont présentés dans le Tableau G.1.
Tableau G.1 — Vue d’ensemble des résultats de la vérification pour la méthode d’identification
validée (premier exemple avec plusieurs genres d’une seule famille)
Souche Géloses uti- Identité de la souche Identité de la souche Interprétation
soumise à lisées pour par la méthode des résult
...
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