ISO/TS 5798:2022

SPÉCIFICATION ISO/TS
TECHNIQUE 5798
Première édition
2022-04
Systèmes d’essai pour diagnostic
in vitro — Exigences et
recommandations pour la détection
du coronavirus 2 du syndrome
respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2)
au moyen de méthodes d’amplification
de l’acide nucléique
In vitro diagnostic test systems — Requirements and
recommendations for detection of severe acute respiratory syndrome
coronavirus 2 (SARS-CoV-2) by nucleic acid amplification methods
Numéro de référence
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Publié en Suisse
ii
Sommaire Page
Avant-propos .v
Introduction . vi
1 Domaine d'application .1
2 Références normatives .1
3 Termes et définitions . 1
4 Vue d’ensemble .7
4.1 SARS-CoV-2 . 7
4.1.1 Généralités . 7
4.1.2 Préanalyse . 9
4.1.3 Analyse — Vue d’ensemble . 9
4.1.4 Phase postanalytique . 11
4.2 Méthodes d’amplification de l’acide nucléique . 11
4.2.1 qPCR à transcription inverse (RT-qPCR) . 11
4.2.2 PCR numérique à transcription inverse (RT-dPCR) .12
4.2.3 Méthodes d’amplification isotherme .12
5 Exigences imposées aux laboratoires.13
5.1 Généralités .13
5.2 Exigences de biosécurité .13
5.2.1 Au sein du laboratoire . 13
5.2.2 Maîtrise des risques . 13
5.2.3 Équipement de protection individuelle (EPI) . 14
5.3 Configuration générale du laboratoire . 14
5.4 Appareillage . 14
5.5 Personnel de laboratoire . 14
6 Conception et développement . .15
6.1 Besoins des clients, des patients et des parties prenantes . 15
6.2 Usage prévu de l’analyse . 15
6.3 Stratégie institutionnelle .15
6.3.1 Tests développés en laboratoire (LDT) et dispositifs médicaux de
diagnostic in vitro (dispositifs médicaux de DIV) .15
6.3.2 Autorisation d’utilisation d’urgence . 16
6.4 Stratégie clinique . . 16
6.5 Spécification des besoins de conception et de développement . 17
6.5.1 Préanalyse des spécimens respiratoires en vue du dépistage du SARS-CoV-2 . 17
6.5.2 Spécifications de conception de l’analyse (spécifications de l’analyse). 24
6.5.3 Gestion du risque de conception .30
6.6 Optimisation des réactifs et des méthodes .30
6.6.1 Sélection des séquences cibles du SARS-CoV-2 .30
6.6.2 Impact potentiel de variants préoccupants sur la qualité des méthodes
diagnostiques des TAAN pour la détection du SARS-CoV-2. 31
6.6.3 Sélection des méthodes d’amplification . 31
6.6.4 Conception et sélection des amorces. 31
6.6.5 Optimisation du système réactionnel . 32
6.6.6 Détermination des valeurs seuils . 32
6.6.7 Vérification et validation de la conception de l’essai. 32
7 Vérification en vue de la prise en charge des patients .34
7.1 Généralités .34
7.2 Confirmation des caractéristiques de performance analytique .34
7.2.1 Exactitude.34
7.2.2 Limite de détection (LD) . 35
7.2.3 Inclusivité . 35
7.2.4 Spécificité . 36
iii
7.2.5 Robustesse . 36
7.3 Preuves cliniques . . 36
8 Validation en vue de la prise en charge des patients .37
8.1 Critères généraux . 37
8.2 Clarification de l’usage prévu . 37
8.3 Performance avec des échantillons ou des spécimens cliniques . 37
9 Transfert de la conception à la production .38
10 Mise en œuvre et utilisation en laboratoire et publication des résultats .38
10.1 Mise en œuvre et utilisation en laboratoire .38
10.2 Publication et interprétation des résultats .39
11 Assurance qualité .40
11.1 Surveillance de la performance .40
11.2 Changement de conception, y compris optimisation de l’analyse .40
11.3 Comparaison interlaboratoires . 41
Annexe A (informative) Techniques d’amplification de l’acide nucléique .42
Bibliographie .45
iv
Avant-propos
L’ISO (Organisation internationale de normalisation) est une fédération mondiale d’organismes
nationaux de normalisation (comités membres de l’ISO). L’élaboration des Normes internationales est
en général confiée aux comités techniques de l’ISO. Chaque comité membre intéressé par une étude
a le droit de faire partie du comité technique créé à cet effet. Les organisations internationales,
gouvernementales et non gouvernementales, en liaison avec l’ISO participent également aux travaux.
L’ISO collabore étroitement avec la Commission électrotechnique internationale (IEC) en ce qui
concerne la normalisation électrotechnique.
Les procédures utilisées pour élaborer le présent document et celles destinées à sa mise à jour sont
décrites dans les Directives ISO/IEC, Partie 1. Il convient, en particulier de prendre note des différents
critères d’approbation requis pour les différents types de documents ISO. Le présent document
a été rédigé conformément aux règles de rédaction données dans les Directives ISO/IEC, Partie 2
(voir www.iso.org/directives).
L’attention est attirée sur le fait que certains des éléments du présent document peuvent faire l’objet de
droits de propriété intellectuelle ou de droits analogues. L’ISO ne saurait être tenue pour responsable
de ne pas avoir identifié de tels droits de propriété et averti de leur existence. Les détails concernant
les références aux droits de propriété intellectuelle ou autres droits analogues identifiés lors de
l’élaboration du document sont indiqués dans l’Introduction et/ou dans la liste des déclarations de
brevets reçues par l’ISO (voir www.iso.org/brevets).
Les appellations commerciales éventuellement mentionnées dans le présent document sont données
pour information, par souci de commodité, à l’intention des utilisateurs et ne sauraient constituer un
engagement.
Pour une explication de la nature volontaire des normes, la signification des termes et expressions
spécifiques de l’ISO liés à l’évaluation de la conformité, ou pour toute information au sujet de l’adhésion
de l’ISO aux principes de l’Organisation mondiale du commerce (OMC) concernant les obstacles
techniques au commerce (OTC), voir le lien suivant : www.iso.org/iso/fr/avant-propos.
Le présent document a été élaboré par le comité technique ISO/TC 212, Laboratoires de biologie médicale
et systèmes de diagnostic in vitro, en collaboration avec le comité technique ISO/TC 276, Biotechnologie.
Il convient que l’utilisateur adresse tout retour d’information ou toute question concernant le présent
document à l’organisme national de normalisation de son pays. Une liste exhaustive desdits organismes
se trouve à l’adresse www.iso.org/fr/members.html.
v
Introduction
Les coronavirus sont des virus à ARN enveloppés qui sont largement répandus dans le règne animal.
Ils ont été identifiés chez les humains, d’autres mammifères, ainsi que les oiseaux. Les coronavirus
doivent leur nom au halo que semblent former les protéines spike, connues pour faciliter l’attachement
viral et la pénétration du virus dans les cellules, à leur surface lorsqu’ils sont observés sous un
microscope électronique. À peu près sphériques, les coronavirus mesurent de 118 nm à 136 nm de
diamètre. Le génome des coronavirus, qui comprend de 26 kb à 32 kb, est le plus gros de tous les virus
à ARN, y compris les virus à ARN qui disposent de génomes segmentés. Jusqu’en 2019, six coronavirus
étaient associés à des maladies humaines :
— le coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV) ;
— le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) ;
— le coronavirus humain 229E (HCoV-229E) ;
— le coronavirus humain OC43 (HCoV-OC43) ;
— le coronavirus humain NL63 (HCoV-NL63) ; et
[1]
— le coronavirus humain HKU1 (HCoV-HKU1) .
En 2019, un groupe de patients présentant une maladie respiratoire s’est révélé, après séquençage,
[2]
être infecté par un nouveau coronavirus . Le coronavirus associé à ce cluster a été ensuite baptisé
coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) par l’International Committee on
[3]
Taxonomy of Viruses . Le SARS-CoV-2 est le septième coronavirus connu qui infecte les humains.
La maladie provoquée par le SARS-CoV-2 a été désignée comme la maladie infectieuse à coronavirus
[4]
2019 (COVID-19) par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) .
La gamme d’hôtes pour le SARS‑CoV‑2 n’est pas encore totalement définie. Le SARS‑CoV‑2 est un
bétacoronavirus. Le récepteur du SARS‑CoV‑2 est une enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2).
L’ACE2 est une carboxypeptidase contenant du zinc exposée à la surface des cellules qui est impliquée
dans la régulation de la fonction cardiaque et de la pression sanguine. Elle s’exprime dans les cellules
épithéliales des poumons et de l’intestin grêle, qui sont les principales cibles du SARS-CoV-2, ainsi que
du cœur, des reins et d’autres tissus.
Le SARS-CoV-2 se reproduit dans les voies supérieures et inférieures de l’appareil respiratoire et
est transmis par des gouttelettes et des aérosols, mais aussi très probablement par le contact avec
d’autres personnes infectées, qu’elles soient symptomatiques ou non. Le nombre de reproduction de
base (R ) du variant d’origine est compris entre 2 et 3, mais des variants nettement plus contagieux
[5]
ont fait leur apparition. La période d’incubation médiane est de 5,7 (2 à 14) jours . Comme pour le
SARS et le MERS, des épisodes de supercontamination ont été rapportés, avec un facteur de dispersion
(kappa) estimé à 0,1. Si la plupart des infections ne présentent pas de complications, entre 5 % à
10 % des patients sont hospitalisés en raison d’une pneumonie associée à une inflammation sévère.
Cependant, les complications comprennent des insuffisances respiratoires et des défaillances
multi-organiques. Les facteurs de risque contribuant à l’apparition de formes graves augmentent
avec l’âge et comprennent l’hypertension, le diabète, les maladies cardiovasculaires et pulmonaires
chroniques, ainsi que l’immunodéficience.
La gestion clinique du COVID-19 et la maîtrise des infections et de la propagation du SARS-CoV-2
nécessitent des diagnostics in vitro efficaces et efficients. Il existe un certain nombre d’essais et de kits
visant à détecter le SARS-CoV-2 et le nombre de méthodes disponibles va continuer d’augmenter. Il est
essentiel de concevoir, de mettre au point et d’établir des diagnostics du SARS-CoV-2 de qualité fondés
sur des méthodes de détection utilisant l’acide nucléique afin de s’assurer que l’infection de COVID‑19
est sous contrôle. L’établissement d’indices pour la réalisation d’une évaluation de la qualité complète
de ces méthodes et de ces kits, que ce soit au cours de leur élaboration qu’en application de routine,
permettra de garantir l’exactitude des résultats d’essai et de soutenir la prévention et la maîtrise de
l’épidémie. Le présent document fournit des exigences et des recommandations à prendre en compte
pour une mise en œuvre de qualité des méthodes d’amplification de l’acide nucléique du SARS‑CoV‑2.
vi
SPÉCIFICATION TECHNIQUE ISO/TS 5798:2022(F)
Systèmes d’essai pour diagnostic in vitro — Exigences et
recommandations pour la détection du coronavirus 2 du
syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) au moyen
de méthodes d’amplification de l’acide nucléique
1 Domaine d'application
Le présent document fournit des exigences et des recommandations pour la conception,
le développement, la vérification, la validation et la mise en œuvre d’analyses afin de détecter le
coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS‑CoV‑2) au moyen de l’amplification de l’acide
nucléique. Il aborde les étapes du processus préanalytique, de l’analyse et du processus postanalytique
pour des spécimens humains.
Le présent document s’applique aux laboratoires de biologie médicale. Il est également destiné aux
concepteurs et fabricants de diagnostics in vitro, ainsi qu’aux institutions et aux organisations
soutenant la recherche et le diagnostic du SARS-CoV-2.
Le présent document ne s’applique pas aux échantillons environnementaux.
2 Références normatives
Le présent document ne contient aucune référence normative.
3 Termes et définitions
Pour les besoins du présent document, les termes et définitions suivants s’appliquent.
L’ISO et l’IEC tiennent à jour des bases de données terminologiques destinées à être utilisées en
normalisation, consultables aux adresses suivantes :
— ISO Online browsing platform : disponible à l’adresse http:// www .iso .org/ obp ;
— IEC Electropedia : disponible à l’adresse http:// www .electropedia .org/ .
3.1
coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère
SARS-CoV-2
virus provoquant la maladie infectieuse à coronavirus 2019 (COVID-19)
3.2
spécimen
échantillon primaire
partie discrète d’un fluide corporel, d’une haleine, d’un cheveu ou d’un tissu prélevé à des fins d’examens,
d’étude ou d’analyse d’une ou plusieurs grandeurs ou propriétés pour déterminer le caractère de
l’ensemble
Note 1 à l'article: à l’article La Global Harmonisation Task Force (GHTF) utilise le terme spécimen dans ses
guides harmonisés pour désigner un échantillon d’origine biologique destiné à être analysé par un laboratoire de
biologie médicale.
Note 2 à l'article: Dans certains pays, le terme « spécimen » est utilisé au lieu du terme « échantillon primaire »
(ou l’un de ses sous-produits), lequel correspond à l’échantillon préparé pour envoi ou tel qu’il est reçu par le
laboratoire et destiné à être analysé.
[6]
[SOURCE: : ISO 15189:2012, 3.16 modifié — La Note 2 à l’article a été supprimée et la Note 3 à l’article
a été renumérotée pour former la Note 2 à l’article.]
3.3
échantillon
une ou plusieurs parties prélevées à partir d’un échantillon primaire (3.2)
EXEMPLE Un volume de sérum prélevé à partir d’un volume de sérum plus important.
[6]
[SOURCE: : ISO 15189:2012, 3.24 ]
3.4
transcription inverse
RT
méthode de synthèse de l’ADN complémentaire [ADNc (3.6)] à partir d’une matrice (3.22) d’ARN (3.20),
qui utilise l’activité enzymatique d’une transcriptase inverse couplée à une ou plusieurs amorces
oligonucléotidiques dans des conditions appropriées
[7]
[SOURCE: : ISO 16577:2016, 3.180 , modifié — « ADN » a été remplacé par « ADN complémentaire
(ADNc) ».]
3.5
acide désoxyribonucléique
ADN
polymère de désoxyribonucléotides se présentant sous la forme de double brin (ADNdb) ou de brin
simple (ADNsb)
[8]
[SOURCE: : ISO 22174:2005, 3.1.2 ]
3.6
ADN complémentaire
ADNc
ADN (3.5) simple brin, complémentaire à de l’ARN (3.20) donné et synthétisé en présence de
transcriptase inverse servant de matrice (3.22) pour l’amplification de l’ADN
[9]
[SOURCE: : ISO 20395:2019, 3.5 ]
3.7
spécificité analytique
capacité d’un système de mesure, utilisant une procédure de mesure spécifiée, à produire des résultats
de mesure, pour un ou plusieurs mesurandes, qui ne dépendent ni les uns des autres ni de toute autre
grandeur dans le système soumis au mesurage
Note 1 à l'article: Le manque de spécificité analytique est appelé interférence analytique
(voir l’ISO 18113-1:2009, A.3.2).
[10]
[SOURCE: : ISO 18113-1:2009, A.3.4 ]
3.8
limite de détection
LD
valeur mesurée, obtenue par une procédure de mesure donnée, pour laquelle la probabilité de déclarer
faussement l’absence d’un constituant dans un matériau est 0,05, étant donnée une probabilité de 0,05
de déclarer faussement sa présence
[11]
[SOURCE: : ISO/IEC Guide 99:2007, 4.18 , modifié — « β, étant donnée la probabilité α » a été remplacé
par « 0,05, étant donné une probabilité de 0,05 », et les Notes 1 à 3 à l’article ont été supprimées.]
3.9
vérification
fourniture de preuves tangibles qu’une entité donnée satisfait à des exigences spécifiées
[11]
[SOURCE: : ISO/IEC Guide 99:2007, 2.44 , modifié — Les EXEMPLES 1 à 3 et les Notes 1 à 6 à l’article
ont été supprimés.]
3.10
validation
confirmation par des preuves objectives que les exigences pour une utilisation spécifique ou une
application prévues ont été satisfaites
Note 1 à l'article: Le terme « validé » est utilisé pour désigner l’état correspondant.
[12]
[SOURCE: : ISO 9000:2015, 3.8.13 , modifié — Les Notes 1 à 3 à l’article ont été supprimées et la Note 2
à l’article a été renommée Note 1 à l’article.]
3.11
amplicon
fragment d’ADN (3.5) spécifique produit par une technologie d’amplification de l’ADN, telle que la
réaction de polymérisation en chaîne (PCR) (3.12)
[13]
[SOURCE: : ISO 13495:2013, 3.3.1 ]
3.12
réaction de polymérisation en chaîne
PCR
méthode enzymatique permettant l’amplification in vitro de l’ADN (3.5) ou de l’ARN (3.20)
[8]
[SOURCE: : ISO 22174:2005, 3.4.1 , modifié — « ou de l’ARN » a été ajouté à la fin de définition et la mise
en forme en italique d’« in vitro » a été supprimée conformément au Guide de style interne de l’ISO.]
3.13
matériau de référence
matériau suffisamment homogène et stable en ce qui concerne des propriétés spécifiées, qui a été
préparé pour être adapté à son utilisation prévue pour un mesurage ou pour l’examen de propriétés
qualitatives
[11]
[SOURCE: : ISO/IEC Guide 99:2007, 5.13 , modifié — Les Notes 1 à 8 à l’article et les EXEMPLES 1 à 5
ont été supprimés.]
3.14
pseudovirus
particule virale ou pseudovirale pouvant intégrer l’enveloppe glycoprotéique d’un autre virus pour
former un virus avec l’enveloppe du virus exogène, tandis que le génome conserve les caractéristiques
du rétrovirus
3.15
PCR numérique
dPCR
méthode consistant à répartir des matrices (3.22) d’acide nucléique entre plusieurs partitions d’un
volume nominal équivalent, de sorte que certaines partitions contiennent de la matrice et d’autres non,
puis à soumettre les séquences cibles à une amplification par PCR (3.12) pour détecter les produits
spécifiques de la PCR, en dénombrant les partitions avec un signal positif et négatif pour la matrice cible
Note 1 à l'article: Les séquences d’acide nucléique cibles sont présumées être réparties de manière aléatoire et
indépendante entre les partitions au cours du processus de partitionnement.
Note 2 à l'article: Le comptage de partitions positives et négatives s’appuie normalement sur la détection du point
final des produits de la PCR suivie par un cycle thermique, néanmoins il est également possible que certaines
plateformes de dPCR procèdent à une surveillance par qPCR (3.16) en temps réel de l’accumulation de produits
de PCR.
[9]
[SOURCE: : ISO 20395:2019, 3.10 ]
3.16
PCR quantitative en temps réel
qPCR
technique de réaction enzymatique qui combine l’amplification in vitro de segments d’ADN (3.5) ou
d’ARN (3.20) spécifiques, la détection et la quantification de produits de PCR (3.12) spécifiques pendant
le processus d’amplification
Note 1 à l'article: Tandis que la PCR produit des copies de la séquence d’ADN pertinente, le marqueur fluorescent
émet une fluorescence directement proportionnelle à la quantité d’ADN présente, qui peut, en théorie, être
rétrocalculée pour déduire la quantité initiale de cet ADN spécifique présente dans un échantillon (3.3) avant la
réaction de PCR.
[9]
[SOURCE: : ISO 20395:2019, 3.25 , modifié — « ARN » a été ajouté.]
3.17
cycle de quantification
C
q
cycle de PCR quantitative en temps réel (qPCR) (3.16), au cours duquel la fluorescence provoquée par
la réaction atteint un niveau de seuil spécifié auquel le signal peut être distingué des niveaux de bruit
de fond
Note 1 à l'article: « Cycle de quantification » est un terme générique qui couvre le cycle seuil (C ), le point de
t
franchissement (C ), le point de décollage et tous les autres termes spécifiques à l’instrument faisant référence au
p
cycle fractionnel qui est proportionnel à la concentration d’ADN cible dans l’essai par qPCR.
Note 2 à l'article: Le cycle de quantification s’appuie soit sur un seuil appliqué à tous les échantillons (3.3) soit à
une analyse de régression du signal, pour chaque échantillon.
Note 3 à l'article: Le cycle de quantification est une mesure offrant une mauvaise reproductibilité qui ne peut pas
être utilisée pour comparer la performance de différents kits.
Note 4 à l'article: Il arrive que des considérations pratiques en laboratoire conduisent à sélectionner une valeur
seuil pour le nombre de cycles. Cette valeur seuil ne peut pas être choisie de manière à éviter toute influence
néfaste sur la limite de détection (3.8) disponible.
Note 5 à l'article: Le C ne s’applique pas aux méthodes de PCR numérique (3.15) et d’amplification isotherme.
q
[9]
[SOURCE: : ISO 20395:2019, 3.8 , modifié — Les Notes 3 et 5 à l’article ont été ajoutées.]
3.18
spécificité clinique
spécificité diagnostique
aptitude d’une procédure d’analyse de diagnostic in vitro à reconnaître l’absence d’un marqueur cible
associé à une maladie particulière ou à un état particulier
Note 1 à l'article: Elle est également définie comme le « pourcentage de négativité » dans les échantillons (3.3)
où le marqueur cible est notoirement absent.
Note 2 à l'article: La spécificité diagnostique est exprimée comme un pourcentage (nombre fractionnaire
multiplié par 100), calculé comme étant 100 fois le nombre de valeurs vraiment négatives divisé par la somme
du nombre de valeurs vraiment négatives et du nombre de valeurs faussement positives ou 100 × TN/(TN + FP).
Ce calcul est basé sur une méthode d’étude où un seul échantillon est prélevé sur chaque sujet.
Note 3 à l'article: L’état cible est défini par des critères indépendants de la procédure d’analyse considérée.
[10]
[SOURCE: : ISO 18113-1:2009, A.3.16 ]
3.19
sensibilité clinique
sensibilité diagnostique
aptitude d’une procédure d’analyse de diagnostic in vitro à identifier la présence d’un marqueur cible
associé à une maladie particulière ou à un état particulier
Note 1 à l'article: Elle est également définie comme le « pourcentage de positivité » dans les échantillons (3.3) où
le marqueur cible est notoirement présent.
Note 2 à l'article: La sensibilité diagnostique est exprimée comme un pourcentage (nombre fractionnaire
multiplié par 100), calculé comme étant 100 × le nombre de valeurs vraies positives (VP) divisé par la somme du
nombre de valeurs vraies positives (VP) et du nombre de valeurs fausses négatives (FN), soit 100 × VP/(VP + FN).
Ce calcul est basé sur une méthode d’étude où un seul échantillon est prélevé sur chaque sujet.
Note 3 à l'article: L’état cible est défini par des critères indépendants de la procédure d’analyse considérée.
[10]
[SOURCE: : ISO 18113-1:2009, A.3.15 ]
3.20
acide ribonucléique
ARN
polymère de ribonucléotides se présentant sous la forme de double brin ou de simple brin
[8]
[SOURCE: : ISO 22174:2005, 3.1.3 ]
3.21
étalon
étalon utilisé pour des étalonnages
[9]
[SOURCE: : ISO 20395:2019, 3.4 , modifié — La Note 1 à l’article et l’EXEMPLE ont été supprimés.]
3.22
matrice d’acide nucléique
brin d’ADN (3.5) ou d’ARN (3.21) qui spécifie la séquence des bases d’un nouveau brin d’ADN ou d’ARN
synthétisé, les deux brins étant complémentaires
[7]
[SOURCE: : ISO 16577:2016, 3.206 ]
3.23
salive
salive totale
liquide biologique buccal principalement sécrété par les trois principales glandes salivaires
(glandes parotides, sous-maxillaires et sublinguales) et par les glandes salivaires présentes dans la
cavité buccale
[14]
[SOURCE: : ISO 4307:2021, 3.15 ]
3.24
réaction de polymérisation en chaîne à transcription inverse
RT-PCR
processus qui combine la RT (3.4) et la PCR (3.12) pour amplifier l’ADNc (3.6) cible, ce qui permet de
détecter les matrices (3.22) d’ARN (3.20)
Note 1 à l'article: Cette méthode peut être réalisée en employant différents formats. Une approche prisée consiste
à utiliser un instrument de PCR en temps réel qui procède à la PCR et à l’analyse simultanément, une méthode
qualifiée de PCR quantitative à transcription inverse [RT‑qPCR (3.16)].
[9]
Note 2 à l'article: Adapté à partir de l’ISO 20395:2019, 3.31 .
3.25
dispositif médical de diagnostic in vitro
dispositif médical de DIV
dispositif, utilisé seul ou en combinaison, désigné par le fabricant, pour l’analyse in vitro d’échantillons
prélevés sur le corps humain uniquement ou principalement dans le but de fournir des informations
à des fins de diagnostic, de surveillance ou de compatibilité incluant les réactifs, les étalons (3.21),
les matériaux de contrôle, les réceptacles d’échantillons, les logiciels et les instruments ou appareillages
associés ou autres articles
[15]
[SOURCE: ISO 17511:2020, 3.21 ]
3.26
processus préanalytiques
processus comprenant la préparation et l’identification du patient, le prélèvement de l’échantillon ou
des échantillons primaires (3.2), leur acheminement jusqu’au laboratoire et au sein du laboratoire et
l’isolement de l’ARN (3.20)
Note 1 à l'article: Les termes « préanalytique » et « phase préanalytique » sont des synonymes de
« processus préanalytique ».
[6]
Note 2 à l'article: Adapté à partir de l’ISO 15189:2012, 3.15 .
3.27
limite de quantification
LQ
plus petite concentration ou teneur en analyte recherché par quantité définie de matrice (3.31) qui
peut être constamment mesurée avec une certitude statistique raisonnable dans les conditions
expérimentales spécifiées dans la méthode
Note 1 à l'article: Généralement exprimée en termes de valeur (vraie) du signal ou de la mesure qui produira des
estimations présentant un écart‑type relatif (RSD) spécifié.
[7]
[SOURCE: : ISO 16577:2016, 3.91 ]
3.28
témoin de PCR positif
source fiable de matériau d’échantillon (3.3) positif bien caractérisé, contenant des séquences intactes
d’acides nucléiques cibles pour PCR (3.12)
[7]
[SOURCE: : ISO 16577:2016, 3.150 , modifié — La Note 1 à l’article a été supprimée.]
3.29
témoin interne d’inhibition
matériau jouant le rôle de témoin interne, obtenu pendant la réaction d’amplification du fragment cible
par ajout d’ADN (3.5) et/ou d’amorces.
Note 1 à l'article: Ce matériau est clairement différent du fragment cible.
[7]
Note 2 à l'article: Adapté à partir de l’ISO 16577:2016, 3.82 .
3.30
test développé en laboratoire
LDT
essai conçu (ou modifié) et utilisé au sein d’un même laboratoire afin de procéder à une analyse
d’échantillons (3.3), dont les résultats sont destinés à faciliter le diagnostic clinique ou à prendre des
décisions en matière de gestion clinique
Note 1 à l'article: Il est nécessaire que le test développé en laboratoire soit validé en fonction de son usage prévu
avant d’être utilisé.
[16]
Note 2 à l'article: Adapté à partir de l’ISO 17822:2020, 3.23 .
3.31
matrice
composants d’un système de matériau à l’exception de l’analyte
[17]
[SOURCE: : ISO 15193:2009, 3.6 ]
3.32
effet de matrice
influence d’une propriété de l’échantillon (3.3), indépendamment de la présence de l’analyte, sur le
mesurage et, par conséquent, sur la valeur mesurée de la grandeur
[18]
[SOURCE: : ISO 15194:2009, 3.7 , modifié — Les Notes 1 et 2 à l’article et l’EXEMPLE ont été supprimés.]
3.33
témoin sans matrice
NTC
réaction témoin contenant tous les réactifs à l’exception de la matrice (3.22) d’acide nucléique de
l’échantillon (3.3) pour essai extrait
Note 1 à l'article: Ce témoin permet de démontrer l’absence de contamination des acides nucléiques. À la place
de l’ADN de la matrice, un volume correspondant d’eau exempte d’acide nucléique est, par exemple, ajouté à la
réaction. Le terme « témoin négatif de PCR » est parfois utilisé également.
[9]
[SOURCE: : ISO 20395:2019, 3.20 ]
3.34
amplification isotherme à médiation par boucle
LAMP
méthode isotherme d’amplification de l’ADN (3.5) employant deux ou trois groupes d’amorces conçus
spécifiquement et une polymérase dotée d’une forte activité de déplacement du brin
[7]
[SOURCE: : ISO 16577:2016, 3.94 ]
4 Vue d’ensemble
4.1 SARS-CoV-2
4.1.1 Généralités
Le processus de détection moléculaire du SARS‑CoV‑2 par test d’amplification de l’acide nucléique
(TAAN) comprend en général les étapes de préanalytique et d’analyse. Les étapes préanalytiques
incluent le prélèvement de spécimens cliniques, le transport, le stockage, la lyse de l’échantillon, ainsi
que l’extraction et la concentration de l’acide nucléique. Les étapes d’analyse incluent la transcription
inverse (synthèse d’ADNc) et une méthode d’amplification appropriée. En outre, des étapes
postanalytiques, telles que la gestion des déchets et la publication des résultats d’essai, sont incluses.
Parmi les attributs de qualité pour les processus de détection fondés sur des TAAN figurent l’évaluation
de la performance d’un mode opératoire d’extraction adapté, l’évaluation des réactifs d’essai selon des
critères minimaux d’essai, une évaluation complète de la spécificité analytique, la limite de détection
(LD) de l’essai ou encore l’évaluation de la stabilité des réactifs.
Le mode opératoire technique visant à évaluer les attributs de qualité est présenté à la Figure 1,
y compris l’évaluation de l’ensemble du processus et l’évaluation de la performance des principaux
paramètres d’analyse.
NOTE La partie de l’évaluation de la qualité consacrée à l’extraction de l’acide nucléique n’est pas toujours
nécessaire pour les TAAN qui n’emploient qu’une seule méthode d’extraction de l’acide nucléique ou lorsque la
méthode d’extraction fait partie intégrante du flux de travail.
Figure 1 — Flux de travail pour l’évaluation de la qualité de la méthode de détection
du SARS‑CoV‑2 fondée sur un test d’amplification de l’acide nucléique (TAAN)
4.1.2 Préanalyse
Dans le cadre de la détection du SARS-CoV-2, il convient de prendre en compte les considérations
générales suivantes au cours du processus préanalytique :
a) il convient d’utiliser des équipements de protection individuelle (EPI) appropriés ;
b) sélection du type de spécimen : le SARS-CoV-2 touchant principalement le système respiratoire,
il convient de sélectionner les spécimens selon les caractéristiques d’infection ou d’exposition au
SARS-CoV-2 ;
c) prélèvement des spécimens : selon les types de spécimens sélectionnés, il convient de prélever des
spécimens cliniques obtenus conformément aux exigences d’échantillonnage normalisées ;
d) conditionnement des spécimens : il convient que le conditionnement des spécimens tienne compte
des pratiques de biosécurité appropriées ;
e) transport et stockage des spécimens : il convient de prendre en compte l’impact du transport et du
stockage sur la dégradation de l’acide nucléique viral ;
f) inactivation du SARS-CoV-2 : avant de procéder aux analyses en laboratoire, il convient que tous
les spécimens subissent un traitement initial (avant leur inactivation) dans un poste de sécurité
microbiologique validé (PSM) ou un dispositif de confinement primaire. Si les modes opératoires
initiaux impliquent de manipuler un échantillon primaire (dilution avec réactif d’inactivation,
par exemple), il convient de les inclure à la vérification et à la validation de l’essai.
NOTE De plus amples informations concernant les paramètres préanalytiques sont fournies en 6.5.1.
4.1.3 Analyse — Vue d’ensemble
4.1.3.1 Généralités
Au cours de l’analyse en laboratoire d’acide nucléique de SARS-CoV-2, il convient de prendre en compte
les considérations générales suivantes :
a) il convient d’utiliser des EPI appropriés pour toutes les analyses ;
b) il convient d’utiliser du matériel distinct et/ou du matériel jetable à usage unique pour toutes les
activités afin d’éviter toute contamination croisée ;
c) il convient de procéder à l’extraction des échantillons, à la préparation des réactifs et à la
manipulation des amplicons dans des pièces séparées.
La nécessité de recourir à des pièces séparées peut être quelque peu réduite en utilisant des essais
disponibles dans le commerce, des méthodes en tube fermé et des instruments automatisés.
Les méthodes entièrement automatisées nécessitent une seule pièce ou une zone dédiée pour les
laboratoires qui utilisent uniquement des kits d’essai disponibles dans le commerce. Les méthodes
en tube fermé sont des méthodologies au cours desquelles l’amplification et l’analyse sont réalisées
dans un même tube sans avoir à transférer les produits de la PCR en vue de leur analyse ;
d) sauf utilisation dans le cadre des étapes postérieures à l’amplification , il convient d’éviter l’emploi
de tubes ouverts dans la mesure du possible ;
e) afin d’éviter toute contamination croisée, il est recommandé d’éviter de déplacer l’instrument ou de
partager le matériel dans différents espaces de travail ;
f) dans le cas de méthodes de détection utilisant des techniques conventionnelles de TAAN, il convient
de respecter à la lettre les exigences de partition à l’attention des laboratoires de TAAN lors de la
réalisation des essais ;
g) le dUTP et l’uracile‑ADN‑glycosylase (UDG) peuvent être ajoutés au mélange réactionnel afin
d’éliminer toute contamination de l’amplicon ;
h) il convient d’envisager de stocker temporairement les déchets avant de les mettre au rebut au cours
de l’analyse des échantillons ;
i) l’utilisation d’une infrastructure de biobanking peut être envisagée si le stockage des spécimens est
destiné, par exemple, à préserver des matériaux biologiques de valeur. De plus amples informations
[19]
relatives à la qualité et à la compétence des biobanques sont fournies dans l’ISO 20387 ;
j) il convient que les laboratoires mettent toujours en place le système d’information pour la collecte,
le traitement, l’enregistrement, la consignation, le stockage ou la récupération des données
d’analyse et des données préanalytiques, ainsi que de toute information pertinente.
4.1.3.2 Traçabilité métrologique
Il convient de vérifier les caractéristiques d’entrée pour la conception de l’évaluation de la performance
de l’essai à l’aide de matériaux de référence établis. Il convient que les matériaux soient traçables
par rapport à de nouveaux matériaux de référence de coronavirus vérifiés (par exemple, l’étalon
[20]
de SARS-CoV-2 de l’OMS ) ou à un matériau équivalent approprié, ou que les essais soient validés
conformément à des programmes d’assurance qualité externes. Il convient que les matériaux de
référence soient stockés et manipulés correctement et conformément aux instructions du fournisseur
s’ils proviennent du commerce. Il convient que les matériaux de référence de différentes sources
soient quantitativement traçables, c’est-à-dire qu’il convient que les résultats d’essai de matériaux de
référence issus de sources différentes concordent. De plus amples informations relatives à la traçabilité
[15]
métrologique sont fournies dans l’ISO 17511 .
Le laboratoire peut préparer ses propres matériaux d
...

ISO/TC 212
Date :  2022-06-13
Deleted: 04
ISO/TC 212/JGT 6
Secrétariat :  ANSI
Systèmes d’essai pour diagnostic in vitro — Exigences et recommandations pour la détection du
coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) au moyen de méthodes
d’amplification de l’acide nucléique
In vitro diagnostic test systems — Requirements and recommendations for detection of severe
acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) by nucleic acid amplification methods
ICS : 11.100.01
Type du document :  Spécification technique
Sous-type du document :
Stade du document :  (60) Publication
Langue du document :  F
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peut être reproduite ni utilisée sous quelque forme que ce soit et par aucun procédé, électronique
ou mécanique, y compris la photocopie, l’affichage sur l’internet ou sur un Intranet, sans
autorisation écrite préalable. Les demandes d’autorisation peuvent être adressées à l’ISO à
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Publié en Suisse
2 © ISO 2022 – Tous droits réservés

Sommaire Page
Avant-propos . v Deleted: 5
Introduction . vi
Deleted: 6
1 Domaine d'application . 1 Deleted: 8
2 Références normatives . 1 Deleted: 8
3 Termes et définitions . 1 Deleted: 8
4 Vue d’ensemble . 16
4.1 SARS-CoV-2 . 16
4.1.1 Généralités . 16
4.1.2 Préanalyse . 18
4.1.3 Analyse — Vue d’ensemble . 18
4.1.4 Phase postanalytique . 20
4.2 Méthodes d’amplification de l’acide nucléique . 21
4.2.1 qPCR à transcription inverse (RT-qPCR) . 21
4.2.2 PCR numérique à transcription inverse (RT-dPCR) . 21
4.2.3 Méthodes d’amplification isotherme. 22
5 Exigences imposées aux laboratoires . 22
5.1 Généralités . 22
5.2 Exigences de biosécurité . 22
5.2.1 Au sein du laboratoire . 22
5.2.2 Maîtrise des risques . 23
5.2.3 Équipement de protection individuelle (EPI) . 23
5.3 Configuration générale du laboratoire . 24
5.4 Appareillage . 24
5.5 Personnel de laboratoire . 24
6 Conception et développement. 24
6.1 Besoins des clients, des patients et des parties prenantes . 24
6.2 Usage prévu de l’analyse . 25
6.3 Stratégie institutionnelle . 25
6.3.1 Tests développés en laboratoire (LDT) et dispositifs médicaux de diagnostic in vitro
(dispositifs médicaux de DIV) . 25
6.3.2 Autorisation d’utilisation d’urgence . 26
6.4 Stratégie clinique . 26
6.5 Spécification des besoins de conception et de développement . 26
6.5.1 Préanalyse des spécimens respiratoires en vue du dépistage du SARS-CoV-2 . 26
6.5.2 Spécifications de conception de l’analyse (spécifications de l’analyse) . 34
6.5.3 Gestion du risque de conception . 41
6.6 Optimisation des réactifs et des méthodes . 41
6.6.1 Sélection des séquences cibles du SARS-CoV-2 . 41
6.6.2 Impact potentiel de variants préoccupants sur la qualité des méthodes
diagnostiques des TAAN pour la détection du SARS-CoV-2 . 42
6.6.3 Sélection des méthodes d’amplification . 42
6.6.4 Conception et sélection des amorces . 42
6.6.5 Optimisation du système réactionnel . 43
6.6.6 Détermination des valeurs seuils . 43
6.6.7 Vérification et validation de la conception de l’essai . 43
7 Vérification en vue de la prise en charge des patients . 45
7.1 Généralités. 45
7.2 Confirmation des caractéristiques de performance analytique . 46
7.2.1 Exactitude . 46
7.2.2 Limite de détection (LD) . 46
7.2.3 Inclusivité . 47
7.2.4 Spécificité . 47
7.2.5 Robustesse . 47
7.3 Preuves cliniques . 48
8 Validation en vue de la prise en charge des patients . 48
8.1 Critères généraux . 48
8.2 Clarification de l’usage prévu . 48
8.3 Performance avec des échantillons ou des spécimens cliniques . 49
9 Transfert de la conception à la production . 49
10 Mise en œuvre et utilisation en laboratoire et publication des résultats . 49
10.1 Mise en œuvre et utilisation en laboratoire . 49
10.2 Publication et interprétation des résultats . 50
11 Assurance qualité . 51
11.1 Surveillance de la performance . 51
11.2 Changement de conception, y compris optimisation de l’analyse . 52
11.3 Comparaison interlaboratoires . 52
Annexe A (informative) Techniques d’amplification de l’acide nucléique . 54
Bibliographie . 57
4 © ISO 2022 – Tous droits réservés

Avant-propos
L’ISO (Organisation internationale de normalisation) est une fédération mondiale d’organismes
nationaux de normalisation (comités membres de l’ISO). L’élaboration des Normes internationales est
en général confiée aux comités techniques de l’ISO. Chaque comité membre intéressé par une étude a le
droit de faire partie du comité technique créé à cet effet. Les organisations internationales,
gouvernementales et non gouvernementales, en liaison avec l’ISO participent également aux travaux.
L’ISO collabore étroitement avec la Commission électrotechnique internationale (IEC) en ce qui
concerne la normalisation électrotechnique.
Les procédures utilisées pour élaborer le présent document et celles destinées à sa mise à jour sont
décrites dans les Directives ISO/IEC, Partie 1. Il convient, en particulier de prendre note des différents
critères d’approbation requis pour les différents types de documents ISO. Le présent document a été
rédigé conformément aux règles de rédaction données dans les Directives ISO/IEC, Partie 2
(voir www.iso.org/directives).
L’attention est attirée sur le fait que certains des éléments du présent document peuvent faire l’objet de
droits de propriété intellectuelle ou de droits analogues. L’ISO ne saurait être tenue pour responsable
de ne pas avoir identifié de tels droits de propriété et averti de leur existence. Les détails concernant les
références aux droits de propriété intellectuelle ou autres droits analogues identifiés lors de
l’élaboration du document sont indiqués dans l’Introduction et/ou dans la liste des déclarations de
brevets reçues par l’ISO (voir www.iso.org/brevets).
Les appellations commerciales éventuellement mentionnées dans le présent document sont données
pour information, par souci de commodité, à l’intention des utilisateurs et ne sauraient constituer un
engagement.
Pour une explication de la nature volontaire des normes, la signification des termes et expressions
spécifiques de l’ISO liés à l’évaluation de la conformité, ou pour toute information au sujet de l’adhésion
de l’ISO aux principes de l’Organisation mondiale du commerce (OMC) concernant les obstacles
techniques au commerce (OTC), voir le lien suivant : www.iso.org/iso/fr/avant-propos.
Le présent document a été élaboré par le comité technique ISO/TC 212, Laboratoires de biologie
médicale et systèmes de diagnostic in vitro, en collaboration avec le comité technique ISO/TC 276,
Biotechnologie.
Il convient que l’utilisateur adresse tout retour d’information ou toute question concernant le présent
document à l’organisme national de normalisation de son pays. Une liste exhaustive desdits organismes
se trouve à l’adresse www.iso.org/fr/members.html.
Introduction
Les coronavirus sont des virus à ARN enveloppés qui sont largement répandus dans le règne animal.
Ils ont été identifiés chez les humains, d’autres mammifères, ainsi que les oiseaux. Les coronavirus
doivent leur nom au halo que semblent former les protéines spike, connues pour faciliter l’attachement
viral et la pénétration du virus dans les cellules, à leur surface lorsqu’ils sont observés sous un
microscope électronique. À peu près sphériques, les coronavirus mesurent de 118 nm à 136 nm de
diamètre. Le génome des coronavirus, qui comprend de 26 kb à 32 kb, est le plus gros de tous les virus
à ARN, y compris les virus à ARN qui disposent de génomes segmentés. Jusqu’en 2019, six coronavirus
étaient associés à des maladies humaines :
— le coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV) ;
— le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) ;
— le coronavirus humain 229E (HCoV-229E) ;
— le coronavirus humain OC43 (HCoV-OC43) ;
— le coronavirus humain NL63 (HCoV-NL63) ; et
[1]
— le coronavirus humain HKU1 (HCoV-HKU1) .
En 2019, un groupe de patients présentant une maladie respiratoire s’est révélé, après séquençage,
[2]
être infecté par un nouveau coronavirus . Le coronavirus associé à ce cluster a été ensuite baptisé
coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) par l’International Committee on
[3]
Taxonomy of Viruses . Le SARS-CoV-2 est le septième coronavirus connu qui infecte les humains.
La maladie provoquée par le SARS-CoV-2 a été désignée comme la maladie infectieuse à coronavirus
[4]
2019 (COVID-19) par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) .
La gamme d’hôtes pour le SARS-CoV-2 n’est pas encore totalement définie. Le SARS-CoV-2 est un
bétacoronavirus. Le récepteur du SARS-CoV-2 est une enzyme de conversion de l’angiotensine 2
(ACE2). L’ACE2 est une carboxypeptidase contenant du zinc exposée à la surface des cellules qui est
impliquée dans la régulation de la fonction cardiaque et de la pression sanguine. Elle s’exprime dans les
cellules épithéliales des poumons et de l’intestin grêle, qui sont les principales cibles du SARS-CoV-2,
ainsi que du cœur, des reins et d’autres tissus.
Le SARS-CoV-2 se reproduit dans les voies supérieures et inférieures de l’appareil respiratoire et est
transmis par des gouttelettes et des aérosols, mais aussi très probablement par le contact avec d’autres
personnes infectées, qu’elles soient symptomatiques ou non. Le nombre de reproduction de base (R0)
du variant d’origine est compris entre 2 et 3, mais des variants nettement plus contagieux ont fait leur
[5]
apparition. La période d’incubation médiane est de 5,7 (2 à 14) jours . Comme pour le SARS et le
MERS, des épisodes de supercontamination ont été rapportés, avec un facteur de dispersion (kappa)
estimé à 0,1. Si la plupart des infections ne présentent pas de complications, entre 5 % à 10 % des
patients sont hospitalisés en raison d’une pneumonie associée à une inflammation sévère.
Cependant, les complications comprennent des insuffisances respiratoires et des défaillances
multi-organiques. Les facteurs de risque contribuant à l’apparition de formes graves augmentent avec
l’âge et comprennent l’hypertension, le diabète, les maladies cardiovasculaires et pulmonaires
chroniques, ainsi que l’immunodéficience.
La gestion clinique du COVID-19 et la maîtrise des infections et de la propagation du SARS-CoV-2
nécessitent des diagnostics in vitro efficaces et efficients. Il existe un certain nombre d’essais et de kits
visant à détecter le SARS-CoV-2 et le nombre de méthodes disponibles va continuer d’augmenter. Il est
6 © ISO 2022 – Tous droits réservés

essentiel de concevoir, de mettre au point et d’établir des diagnostics du SARS-CoV-2 de qualité fondés
sur des méthodes de détection utilisant l’acide nucléique afin de s’assurer que l’infection de COVID-19
est sous contrôle. L’établissement d’indices pour la réalisation d’une évaluation de la qualité complète
de ces méthodes et de ces kits, que ce soit au cours de leur élaboration qu’en application de routine,
permettra de garantir l’exactitude des résultats d’essai et de soutenir la prévention et la maîtrise de
l’épidémie. Le présent document fournit des exigences et des recommandations à prendre en compte
pour une mise en œuvre de qualité des méthodes d’amplification de l’acide nucléique du SARS-CoV-2.
SPÉCIFICATION TECHNIQUE ISO/TS 5798:2022(F)

Systèmes d’essai pour diagnostic in vitro — Exigences et
recommandations pour la détection du coronavirus 2 du
syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) au moyen de
méthodes d’amplification de l’acide nucléique
1 Domaine d'application
Le présent document fournit des exigences et des recommandations pour la conception,
le développement, la vérification, la validation et la mise en œuvre d’analyses afin de détecter le
coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) au moyen de l’amplification de
l’acide nucléique. Il aborde les étapes du processus préanalytique, de l’analyse et du processus
postanalytique pour des spécimens humains.
Le présent document s’applique aux laboratoires de biologie médicale. Il est également destiné aux
concepteurs et fabricants de diagnostics in vitro, ainsi qu’aux institutions et aux organisations
soutenant la recherche et le diagnostic du SARS-CoV-2.
Le présent document ne s’applique pas aux échantillons environnementaux.
2 Références normatives
Le présent document ne contient aucune référence normative.
3 Termes et définitions
Pour les besoins du présent document, les termes et définitions suivants s’appliquent.
L’ISO et l’IEC tiennent à jour des bases de données terminologiques destinées à être utilisées en
normalisation, consultables aux adresses suivantes :
— ISO Online browsing platform : disponible à l’adresse http://www.iso.org/obp ;
— IEC Electropedia : disponible à l’adresse http://www.electropedia.org/.
3.1
coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère
SARS-CoV-2
virus provoquant la maladie infectieuse à coronavirus 2019 (COVID-19)
3.2
spécimen
échantillon primaire
partie discrète d’un fluide corporel, d’une haleine, d’un cheveu ou d’un tissu prélevé à des fins
d’examens, d’étude ou d’analyse d’une ou plusieurs grandeurs ou propriétés pour déterminer le
caractère de l’ensemble
Note 1 à l’article La Global Harmonisation Task Force (GHTF) utilise le terme spécimen dans ses guides
Deleted: :
harmonisés pour désigner un échantillon d’origine biologique destiné à être analysé par un laboratoire de biologie
médicale.
Note 2 à l’article: Dans certains pays, le terme « spécimen » est utilisé au lieu du terme « échantillon primaire »
Deleted: :
(ou l’un de ses sous-produits), lequel correspond à l’échantillon préparé pour envoi ou tel qu’il est reçu par le
laboratoire et destiné à être analysé.
[6]
[SOURCE : ISO 15189:2012, 3.16 modifié — La Note 2 à l’article a été supprimée et la Note 3 à l’article
a été renumérotée pour former la Note 2 à l’article.]
3.3
échantillon
une ou plusieurs parties prélevées à partir d’un échantillon primaire (3.2)
EXEMPLE: Un volume de sérum prélevé à partir d’un volume de sérum plus important.
[6]
[SOURCE : ISO 15189:2012, 3.24 ]
3.4
transcription inverse
RT
méthode de synthèse de l’ADN complémentaire [ADNc (3.6)] à partir d’une matrice (3.22) d’ARN (3.20),
qui utilise l’activité enzymatique d’une transcriptase inverse couplée à une ou plusieurs amorces
oligonucléotidiques dans des conditions appropriées
[7]
[SOURCE : ISO 16577:2016, 3.180 , modifié — « ADN » a été remplacé par « ADN complémentaire
(ADNc) ».]
3.5
acide désoxyribonucléique
ADN
polymère de désoxyribonucléotides se présentant sous la forme de double brin (ADNdb) ou de brin
simple (ADNsb)
[8]
[SOURCE : ISO 22174:2005, 3.1.2 ]
3.6
ADN complémentaire
ADNc
ADN (3.5) simple brin, complémentaire à de l’ARN (3.20) donné et synthétisé en présence de
transcriptase inverse servant de matrice (3.22) pour l’amplification de l’ADN
[9]
[SOURCE : ISO 20395:2019, 3.5 ]
3.7
spécificité analytique
capacité d’un système de mesure, utilisant une procédure de mesure spécifiée, à produire des résultats
de mesure, pour un ou plusieurs mesurandes, qui ne dépendent ni les uns des autres ni de toute autre
grandeur dans le système soumis au mesurage
Note 1 à l’article: Le manque de spécificité analytique est appelé interférence analytique
Deleted: :
(voir l’ISO 18113-1:2009, A.3.2).
[10]
[SOURCE : ISO 18113-1:2009, A.3.4 ]
3.8
limite de détection
LD
valeur mesurée, obtenue par une procédure de mesure donnée, pour laquelle la probabilité de déclarer
faussement l’absence d’un constituant dans un matériau est 0,05, étant donnée une probabilité de 0,05
de déclarer faussement sa présence
[11]
[SOURCE : ISO/IEC Guide 99:2007, 4.18 , modifié — « β, étant donnée la probabilité α » a été remplacé
par « 0,05, étant donné une probabilité de 0,05 », et les Notes 1 à 3 à l’article ont été supprimées.]
3.9
vérification
fourniture de preuves tangibles qu’une entité donnée satisfait à des exigences spécifiées
[11]
[SOURCE : ISO/IEC Guide 99:2007, 2.44 , modifié —Les EXEMPLES 1 à 3 et les Notes 1 à 6 à l’article
ont été supprimés.]
3.10
validation
confirmation par des preuves objectives que les exigences pour une utilisation spécifique ou une
application prévues ont été satisfaites
Note 1 à l’article: Le terme « validé » est utilisé pour désigner l’état correspondant.
Deleted: :
[12]
[SOURCE : ISO 9000:2015, 3.8.13 , modifié — Les Notes 1 à 3 à l’article ont été supprimées et la
Note 2 à l’article a été renommée Note 1 à l’article.]
3.11
amplicon
fragment d’ADN (3.5) spécifique produit par une technologie d’amplification de l’ADN, telle que la
réaction de polymérisation en chaîne (PCR) (3.12)
[13]
[SOURCE : ISO 13495:2013, 3.3.1 ]
3.12
réaction de polymérisation en chaîne
PCR
méthode enzymatique permettant l’amplification in vitro de l’ADN (3.5) ou de l’ARN (3.20)
[8]
[SOURCE : ISO 22174:2005, 3.4.1 , modifié — « ou de l’ARN » a été ajouté à la fin de définition et
la mise en forme en italique d’« in vitro » a été supprimée conformément au Guide de style interne
de l’ISO.]
10 © ISO 2022 – Tous droits réservés

3.13
matériau de référence
matériau suffisamment homogène et stable en ce qui concerne des propriétés spécifiées, qui a été
préparé pour être adapté à son utilisation prévue pour un mesurage ou pour l’examen de propriétés
qualitatives
[11]
[SOURCE : ISO/IEC Guide 99:2007, 5.13 , modifié — Les Notes 1 à 8 à l’article et les EXEMPLES 1 à 5
ont été supprimés.]
3.14
pseudovirus
particule virale ou pseudovirale pouvant intégrer l’enveloppe glycoprotéique d’un autre virus pour
former un virus avec l’enveloppe du virus exogène, tandis que le génome conserve les caractéristiques
du rétrovirus
3.15
PCR numérique
dPCR
méthode consistant à répartir des matrices (3.22) d’acide nucléique entre plusieurs partitions d’un
volume nominal équivalent, de sorte que certaines partitions contiennent de la matrice et d’autres non,
puis à soumettre les séquences cibles à une amplification par PCR (3.12) pour détecter les produits
spécifiques de la PCR, en dénombrant les partitions avec un signal positif et négatif pour la matrice cible
Note 1 à l’article: Les séquences d’acide nucléique cibles sont présumées être réparties de manière aléatoire et
Deleted: :
indépendante entre les partitions au cours du processus de partitionnement.
Note 2 à l’article: Le comptage de partitions positives et négatives s’appuie normalement sur la détection du
Deleted: :
point final des produits de la PCR suivie par un cycle thermique, néanmoins il est également possible que certaines
plateformes de dPCR procèdent à une surveillance par qPCR (3.16) en temps réel de l’accumulation de produits
de PCR.
[9]
[SOURCE : ISO 20395:2019, 3.10 ]
3.16
PCR quantitative en temps réel
qPCR
technique de réaction enzymatique qui combine l’amplification in vitro de segments d’ADN (3.5) ou
d’ARN (3.20) spécifiques, la détection et la quantification de produits de PCR (3.12) spécifiques pendant
le processus d’amplification
Note 1 à l’article: Tandis que la PCR produit des copies de la séquence d’ADN pertinente, le marqueur
Deleted: :
fluorescent émet une fluorescence directement proportionnelle à la quantité d’ADN présente, qui peut, en théorie,
être rétrocalculée pour déduire la quantité initiale de cet ADN spécifique présente dans un échantillon (3.3) avant
la réaction de PCR.
[9]
[SOURCE : ISO 20395:2019, 3.25 , modifié — « ARN » a été ajouté.]
3.17
cycle de quantification
C
q
cycle de PCR quantitative en temps réel (qPCR) (3.16), au cours duquel la fluorescence provoquée par la
réaction atteint un niveau de seuil spécifié auquel le signal peut être distingué des niveaux de bruit
de fond
Note 1 à l’article: « Cycle de quantification » est un terme générique qui couvre le cycle seuil (C ), le point de
t Deleted: :
franchissement (Cp), le point de décollage et tous les autres termes spécifiques à l’instrument faisant référence au
cycle fractionnel qui est proportionnel à la concentration d’ADN cible dans l’essai par qPCR.
Note 2 à l’article: Le cycle de quantification s’appuie soit sur un seuil appliqué à tous les échantillons (3.3) soit à
Deleted: :
une analyse de régression du signal, pour chaque échantillon.
Note 3 à l’article: Le cycle de quantification est une mesure offrant une mauvaise reproductibilité qui ne peut
Deleted: :
pas être utilisée pour comparer la performance de différents kits.
Note 4 à l’article: Il arrive que des considérations pratiques en laboratoire conduisent à sélectionner une valeur
Deleted: :
seuil pour le nombre de cycles. Cette valeur seuil ne peut pas être choisie de manière à éviter toute influence
néfaste sur la limite de détection (3.8) disponible.
Note 5 à l’article: Le C ne s’applique pas aux méthodes de PCR numérique (3.15) et d’amplification isotherme.
q Deleted: :
[9]
[SOURCE : ISO 20395:2019, 3.8 , modifié — Les Notes 3 et 5 à l’article ont été ajoutées.]
3.18
spécificité clinique
spécificité diagnostique
aptitude d’une procédure d’analyse de diagnostic in vitro à reconnaître l’absence d’un marqueur cible
associé à une maladie particulière ou à un état particulier
Note 1 à l’article: Elle est également définie comme le « pourcentage de négativité » dans les échantillons (3.3)
Deleted: :
où le marqueur cible est notoirement absent.
Note 2 à l’article: La spécificité diagnostique est exprimée comme un pourcentage (nombre fractionnaire
Deleted: :
multiplié par 100), calculé comme étant 100 fois le nombre de valeurs vraiment négatives divisé par la somme du
nombre de valeurs vraiment négatives et du nombre de valeurs faussement positives ou 100 × TN/(TN + FP).
Ce calcul est basé sur une méthode d’étude où un seul échantillon est prélevé sur chaque sujet.
Note 3 à l’article: L’état cible est défini par des critères indépendants de la procédure d’analyse considérée.
Deleted: :
[10]
[SOURCE : ISO 18113-1:2009, A.3.16 ]
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3.19
sensibilité clinique
sensibilité diagnostique
aptitude d’une procédure d’analyse de diagnostic in vitro à identifier la présence d’un marqueur cible
associé à une maladie particulière ou à un état particulier
Note 1 à l’article: Elle est également définie comme le « pourcentage de positivité » dans les échantillons (3.3) où
Deleted: :
le marqueur cible est notoirement présent.
Note 2 à l’article: La sensibilité diagnostique est exprimée comme un pourcentage (nombre fractionnaire Deleted: :
multiplié par 100), calculé comme étant 100 × le nombre de valeurs vraies positives (VP) divisé par la somme du
nombre de valeurs vraies positives (VP) et du nombre de valeurs fausses négatives (FN), soit 100 × VP/(VP + FN).
Ce calcul est basé sur une méthode d’étude où un seul échantillon est prélevé sur chaque sujet.
Note 3 à l’article: L’état cible est défini par des critères indépendants de la procédure d’analyse considérée.
Deleted: :
[10]
[SOURCE : ISO 18113-1:2009, A.3.15 ]
3.20
acide ribonucléique
ARN
polymère de ribonucléotides se présentant sous la forme de double brin ou de simple brin
[8]
[SOURCE : ISO 22174:2005, 3.1.3 ]
3.21
étalon
étalon utilisé pour des étalonnages
[9]
[SOURCE : ISO 20395:2019, 3.4 , modifié — La Note 1 à l’article et l’EXEMPLE ont été supprimés.]
3.22
matrice d’acide nucléique
brin d’ADN (3.5) ou d’ARN (3.21) qui spécifie la séquence des bases d’un nouveau brin d’ADN ou d’ARN
synthétisé, les deux brins étant complémentaires
[7]
[SOURCE : ISO 16577:2016, 3.206 ]
3.23
salive
salive totale
liquide biologique buccal principalement sécrété par les trois principales glandes salivaires
(glandes parotides, sous-maxillaires et sublinguales) et par les glandes salivaires présentes dans la
cavité buccale
[14]
[SOURCE : ISO 4307:2021, 3.15 ]
3.24
réaction de polymérisation en chaîne à transcription inverse
RT-PCR
processus qui combine la RT (3.4) et la PCR (3.12) pour amplifier l’ADNc (3.6) cible, ce qui permet de
détecter les matrices (3.22) d’ARN (3.20)
Note 1 à l’article: Cette méthode peut être réalisée en employant différents formats. Une approche prisée
Deleted: :
consiste à utiliser un instrument de PCR en temps réel qui procède à la PCR et à l’analyse simultanément, une
méthode qualifiée de PCR quantitative à transcription inverse [RT-qPCR (3.16)].
[9]
Note 2 à l’article: Adapté à partir de l’ISO 20395:2019, 3.31 .
Deleted: :
3.25
dispositif médical de diagnostic in vitro
dispositif médical de DIV
dispositif, utilisé seul ou en combinaison, désigné par le fabricant, pour l’analyse in vitro d’échantillons
prélevés sur le corps humain uniquement ou principalement dans le but de fournir des informations à
des fins de diagnostic, de surveillance ou de compatibilité incluant les réactifs, les étalons (3.21),
les matériaux de contrôle, les réceptacles d’échantillons, les logiciels et les instruments ou appareillages
associés ou autres articles
[15]
[SOURCE ISO 17511:2020, 3.21 ]
3.26
processus préanalytiques
processus comprenant la préparation et l’identification du patient, le prélèvement de l’échantillon ou
des échantillons primaires (3.2), leur acheminement jusqu’au laboratoire et au sein du laboratoire et
l’isolement de l’ARN (3.20)
Note 1 à l’article: Les termes « préanalytique » et « phase préanalytique » sont des synonymes de
Deleted: :
« processus préanalytique ».
[6]
Note 2 à l’article: Adapté à partir de l’ISO 15189:2012, 3.15 .
Deleted: :
3.27
limite de quantification
LQ
plus petite concentration ou teneur en analyte recherché par quantité définie de matrice (3.31) qui peut
être constamment mesurée avec une certitude statistique raisonnable dans les conditions
expérimentales spécifiées dans la méthode
Note 1 à l’article: Généralement exprimée en termes de valeur (vraie) du signal ou de la mesure qui produira
Deleted: :
des estimations présentant un écart-type relatif (RSD) spécifié.
[7]
[SOURCE : ISO 16577:2016, 3.91 ]
3.28
témoin de PCR positif
source fiable de matériau d’échantillon (3.3) positif bien caractérisé, contenant des séquences intactes
d’acides nucléiques cibles pour PCR (3.12)
[7]
[SOURCE : ISO 16577:2016, 3.150 , modifié — La Note 1 à l’article a été supprimée.]
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3.29
témoin interne d’inhibition
matériau jouant le rôle de témoin interne, obtenu pendant la réaction d’amplification du fragment cible
par ajout d’ADN (3.5) et/ou d’amorces.
Note 1 à l’article: Ce matériau est clairement différent du fragment cible.
Deleted: :
[7]
Note 2 à l’article: Adapté à partir de l’ISO 16577:2016, 3.82 .
Deleted: :
3.30
test développé en laboratoire
LDT
essai conçu (ou modifié) et utilisé au sein d’un même laboratoire afin de procéder à une analyse
d’échantillons (3.3), dont les résultats sont destinés à faciliter le diagnostic clinique ou à prendre des
décisions en matière de gestion clinique
Note 1 à l’article: Il est nécessaire que le test développé en laboratoire soit validé en fonction de son usage
Deleted: :
prévu avant d’être utilisé.
[16]
Note 2 à l’article: Adapté à partir de l’ISO 17822:2020, 3.23 .
Deleted: :
3.31
matrice
composants d’un système de matériau à l’exception de l’analyte
[17]
[SOURCE : ISO 15193:2009, 3.6 ]
3.32
effet de matrice
influence d’une propriété de l’échantillon (3.3), indépendamment de la présence de l’analyte, sur le
mesurage et, par conséquent, sur la valeur mesurée de la grandeur
[18]
[SOURCE : ISO 15194:2009, 3.7 , modifié — Les Notes 1 et 2 à l’article et l’EXEMPLE ont été
supprimés.]
3.33
témoin sans matrice
NTC
réaction témoin contenant tous les réactifs à l’exception de la matrice (3.22) d’acide nucléique de
l’échantillon (3.3) pour essai extrait
Note 1 à l’article: Ce témoin permet de démontrer l’absence de contamination des acides nucléiques. À la place
Deleted: :
de l’ADN de la matrice, un volume correspondant d’eau exempte d’acide nucléique est, par exemple, ajouté à la
réaction. Le terme « témoin négatif de PCR » est parfois utilisé également.
[9]
[SOURCE : ISO 20395:2019, 3.20 ]
3.34
amplification isotherme à médiation par boucle
LAMP
méthode isotherme d’amplification de l’ADN (3.5) employant deux ou trois groupes d’amorces conçus
spécifiquement et une polymérase dotée d’une forte activité de déplacement du brin
[7]
[SOURCE : ISO 16577:2016, 3.94 ]
4 Vue d’ensemble
4.1 SARS-CoV-2
4.1.1 Généralités
Le processus de détection moléculaire du SARS-CoV-2 par test d’amplification de l’acide nucléique
(TAAN) comprend en général les étapes de préanalytique et d’analyse. Les étapes préanalytiques
incluent le prélèvement de spécimens cliniques, le transport, le stockage, la lyse de l’échantillon, ainsi
que l’extraction et la concentration de l’acide nucléique. Les étapes d’analyse incluent la transcription
inverse (synthèse d’ADNc) et une méthode d’amplification appropriée. En outre, des étapes
postanalytiques, telles que la gestion des déchets et la publication des résultats d’essai, sont incluses.
Parmi les attributs de qualité pour les processus de détection fondés sur des TAAN figurent l’évaluation
de la performance d’un mode opératoire d’extraction adapté, l’évaluation des réactifs d’essai selon des
critères minimaux d’essai, une évaluation complète de la spécificité analytique, la limite de détection
(LD) de l’essai ou encore l’évaluation de la stabilité des réactifs.
Le mode opératoire technique visant à évaluer les attributs de qualité est présenté à la Figure 1,
y compris l’évaluation de l’ensemble du processus et l’évaluation de la performance des principaux
paramètres d’analyse.
NOTE La partie de l’évaluation de la qualité consacrée à l’extraction de l’acide nucléique n’est pas toujours
nécessaire pour les TAAN qui n’emploient qu’une seule méthode d’extraction de l’acide nucléique ou lorsque la
méthode d’extraction fait partie intégrante du flux de travail.
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Deleted:
Figure 1 — Flux de travail pour l’évaluation de la qualité de la méthode de détection
du SARS-CoV-2 fondée sur un test d’amplification de l’acide nucléique (TAAN)
4.1.2 Préanalyse
Dans le cadre de la détection du SARS-CoV-2, il convient de prendre en compte les considérations
générales suivantes au cours du processus préanalytique :
a) il convient d’utiliser des équipements de protection individuelle (EPI) appropriés ;
b) sélection du type de spécimen : le SARS-CoV-2 touchant principalement le système respiratoire,
il convient de sélectionner les spécimens selon les caractéristiques d’infection ou d’exposition au
SARS-CoV-2 ;
c) prélèvement des spécimens : selon les types de spécimens sélectionnés, il convient de prélever des
spécimens cliniques obtenus conformément aux exigences d’échantillonnage normalisées ;
d) conditionnement des spécimens : il convient que le conditionnement des spécimens tienne compte
des pratiques de biosécurité appropriées ;
e) transport et stockage des spécimens : il convient de prendre en compte l’impact du transport et du
stockage sur la dégradation de l’acide nucléique viral ;
f) inactivation du SARS-CoV-2 : avant de procéder aux analyses en laboratoire, il convient que tous les
spécimens subissent un traitement initial (avant leur inactivation) dans un poste de sécurité
microbiologique validé (PSM) ou un dispositif de confinement primaire. Si les modes opératoires
initiaux impliquent de manipuler un échantillon primaire (dilution avec réactif d’inactivation,
par exemple), il convient de les inclure à la vérification et à la validation de l’essai.
NOTE De plus amples informations concernant les paramètres préanalytiques sont fournies en 6.5.1.
4.1.3 Analyse — Vue d’ensemble
4.1.3.1 Généralités
Au cours de l’analyse en laboratoire d’acide nucléique de SARS-CoV-2, il convient de prendre en compte
les considérations générales suivantes :
a) il convient d’utiliser des EPI appropriés pour toutes les analyses ;
b) il convient d’utiliser du matériel distinct et/ou du matériel jetable à usage unique pour toutes les
activités afin d’éviter toute contamination croisée ;
c) il convient de procéder à l’extraction des échantillons, à la préparation des réactifs et à la
manipulation des amplicons dans des pièces séparées.
La nécessité de recourir à des pièces séparées peut être quelque peu réduite en utilisant des essais
disponibles dans le commerce, des méthodes en tube fermé et des instruments automatisés.
Les méthodes entièrement automatisées nécessitent une seule pièce ou une zone dédiée pour les
laboratoires qui utilisent uniquement des kits d’essai disponibles dans le commerce. Les méthodes
en tube fermé sont des méthodologies au cours desquelles l’amplification et l’analyse sont réalisées
dans un même tube sans avoir à transférer les produits de la PCR en vue de leur analyse ;
d) sauf utilisation dans le cadre des étapes postérieures à l’amplification , il convient d’éviter l’emploi
de tubes ouverts dans la mesure du possible ;
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e) afin d’éviter toute contamination croisée, il est recommandé d’éviter de déplacer l’instrument ou de
partager le matériel dans différents espaces de travail ;
f) dans le cas de méthodes de détection utilisant des techniques conventionnelles de TAAN,
il convient de respecter à la lettre les exigences de partition à l’attention des laboratoires de TAAN
lors de la réalisation des essais ;
g) le dUTP et l’uracile-ADN-glycosylase (UDG) peuvent être ajoutés au mélange réactionnel afin
d’éliminer toute contamination de l’amplicon ;
h) il convient d’envisager de stocker temporairement les déchets avant de les mettre au rebut au cours
de l’analyse des échantillons ;
i) l’utilisation d’une infrastructure de biobanking peut être envisagée si le stockage des spécimens est
destiné, par exemple, à préserver des matériaux biologiques de valeur. De plus amples informations
[19]
relatives à la qualité et à la compétence des biobanques sont fournies dans l’ISO 20387 ;
j) il convient que les laboratoires mettent toujours en place le système d’information pour la collecte,
le traitement, l’enregistrement, la consignation, le stockage ou la récupération des données
d’analyse et des données préanalytiques, ainsi que de toute information pertinente.
4.1.3.2 Traçabilité métrologique
Il convient de vérifier les caractéristiques d’entrée pour la conception de l’évaluation de la performance
de l’essai à l’aide de matériaux de référence établis. Il convient que les matériaux soient traçables par
rapport à de nouveaux matériaux de référence de coronavirus vérifiés (par exemple, l’étalon de
[20]
SARS-CoV-2 de l’OMS ) ou à un matériau équivalent approprié, ou que les essais soient validés
conformément à des programmes d’assurance qualité externes. Il convient que les matériaux de
référence soient stockés et manipulés correctement et conformément aux instructions du fournisseur
s’ils proviennent du commerce. Il convient que les matériaux de référence de différentes sources soient
quantitativement traçables, c’est-à-dire qu’il convient que les résultats d’essai de matériaux de
référence issus de sources différentes concordent. De plus amples informations relatives à la traçabilité
[15]
métrologique sont fournies dans l’ISO 17511 .
Le laboratoire peut préparer ses propres matériaux de référence dans le cadre de l’étude de faisabilité
et l’utilisation de réactifs (matériau de référence interne) en s’appuyant sur les indications suivantes :
a) parmi les substances pouvant être utilisé
...