ISO 13495:2013
(Main)Foodstuffs — Principles of selection and criteria of validation for varietal identification methods using specific nucleic acid
Foodstuffs — Principles of selection and criteria of validation for varietal identification methods using specific nucleic acid
ISO 13495:2013 specifies molecular tools for generating molecular profiles of varieties of plant species, enabling varietal identification, i.e. confirmation of identity in relation to one or more references. ISO 13495:2013 is applicable to various matrices, seeds, leaves, roots, industrial products composed of only one variety. Matrices presented in the form of mixtures of varieties (such as purees, compotes, flours) are excluded from the scope of ISO 13495:2013. It does not deal with genetic purity.
Produits alimentaires — Principes de sélection et critères de validation des méthodes d'identification variétale utilisant des acides nucléiques spécifiques
L'ISO 13495:2013 spécifie des outils moléculaires qui permettent d'établir des profils moléculaires de variétés d'espèces végétales aux fins de l'identification variétale, c'est-à-dire la confirmation d'identité par rapport à une ou plusieurs références. L'ISO 13495:2013 s'applique à différentes matrices (semences, feuilles, racines, produits industriels) constituées d'une seule variété. Les matrices se présentant sous forme de mélanges de variétés (purées, compotes, farines) sont exclues du domaine d'application de l'ISO 13495:2013. Elle ne traite pas de la pureté génétique.
General Information
Standards Content (Sample)
INTERNATIONAL ISO
STANDARD 13495
First edition
2013-11-01
Foodstuffs — Principles of selection
and criteria of validation for varietal
identification methods using specific
nucleic acid
Produits alimentaires — Principes de sélection et critères de
validation des méthodes d’identification variétale utilisant des acides
nucléiques spécifiques
Reference number
©
ISO 2013
© ISO 2013
All rights reserved. Unless otherwise specified, no part of this publication may be reproduced or utilized otherwise in any form
or by any means, electronic or mechanical, including photocopying, or posting on the internet or an intranet, without prior
written permission. Permission can be requested from either ISO at the address below or ISO’s member body in the country of
the requester.
ISO copyright office
Case postale 56 • CH-1211 Geneva 20
Tel. + 41 22 749 01 11
Fax + 41 22 749 09 47
E-mail copyright@iso.org
Web www.iso.org
Published in Switzerland
ii © ISO 2013 – All rights reserved
Contents Page
Foreword .iv
Introduction .v
1 Scope . 1
2 Normative references . 1
3 Terms and definitions . 1
3.1 Terms related to variety . 1
3.2 Terms related to DNA/RNA extraction and purification . 2
3.3 Terms related to PCR amplification of nucleic acids . 2
3.4 Terms related to detection . 3
3.5 Terms related to controls . 3
3.6 Terms related to markers . 4
4 Quality assurance on the test results . 4
5 Selection of methods . 6
6 Markers selection . 6
6.1 General criteria . 6
6.2 Marker set selection . 6
6.3 SSR markers. 6
6.4 Single nucleotide polymorphism (SNP) . 7
7 Laboratory samples . 7
7.1 Sample . 7
7.2 Sample size . 7
7.3 Reference material . 7
8 Laboratory validation . 8
8.1 General . 8
8.2 Intralaboratory validation criteria . 8
8.3 Interlaboratory validation criteria . 9
9 Interpretation and expression of the results .10
9.1 General .10
9.2 Data annotation system .10
9.3 Analysis of results .11
9.4 Expression of results .11
10 Test report .11
Bibliography .13
Foreword
ISO (the International Organization for Standardization) is a worldwide federation of national standards
bodies (ISO member bodies). The work of preparing International Standards is normally carried out
through ISO technical committees. Each member body interested in a subject for which a technical
committee has been established has the right to be represented on that committee. International
organizations, governmental and non-governmental, in liaison with ISO, also take part in the work.
ISO collaborates closely with the International Electrotechnical Commission (IEC) on all matters of
electrotechnical standardization.
The procedures used to develop this document and those intended for its further maintenance are
described in the ISO/IEC Directives, Part 1. In particular the different approval criteria needed for the
different types of ISO documents should be noted. This document was drafted in accordance with the
editorial rules of the ISO/IEC Directives, Part 2. www.iso.org/directives
Attention is drawn to the possibility that some of the elements of this document may be the subject of
patent rights. ISO shall not be held responsible for identifying any or all such patent rights. Details of
any patent rights identified during the development of the document will be in the Introduction and/or
on the ISO list of patent declarations received. www.iso.org/patents
Any trade name used in this document is information given for the convenience of users and does not
constitute an endorsement.
The committee responsible for this document is ISO/TC 34, Food products, Subcommittee SC 16,
Horizontal methods for molecular biomarker analysis.
iv © ISO 2013 – All rights reserved
Introduction
This International Standard outlines guidelines designed to support decision-making and validation on
the protocols used to produce high-quality molecular data for varietal identification.
Varietal identification testing requires high-quality markers, which are able to provide reproducible
data using a variety of equipment, chemistries and reagents. Accordingly, this International Standard
only addresses specific amplification methods.
The aims of this International Standard are to ensure that the methods of analysis are compatible with
customer requests, to list the different steps towards method validation, and to define acceptance
criteria. It also guarantees that the general principles employed in performing these analyses will be the
same across all laboratories (reference material, sample size, laboratory sample, test portion, extraction,
results analysis and interpretation, certificate of analysis).
Finally, this International Standard plays a role in standardizing the results obtained by different
laboratories.
INTERNATIONAL STANDARD ISO 13495:2013(E)
Foodstuffs — Principles of selection and criteria of validation
for varietal identification methods using specific nucleic acid
1 Scope
This International Standard specifies molecular tools for generating molecular profiles of varieties of plant
species, enabling varietal identification, i.e. confirmation of identity in relation to one or more references.
This International Standard is applicable to various matrices, seeds, leaves, roots, industrial products
composed of only one variety. Matrices presented in the form of mixtures of varieties (such as purees,
compotes, flours) are excluded from the scope of this document.
This International Standard does not deal with genetic purity.
2 Normative references
The following documents, in whole or in part, are normatively referenced in this document and are
indispensable to its application. For dated references, only the edition cited applies. For undated
references, the latest edition of the referenced document (including any amendments) applies.
ISO/IEC 17025:2005, General requirements for the competence of testing and calibration laboratories
3 Terms and definitions
For the purposes of this document, the following terms and definitions apply.
3.1 Terms related to variety
3.1.1
cultivar
group of cultivated plants which may be clearly defined by morphological, physical, cytological, chemical
or other characteristics and which, after sexual or asexual reproduction, keeps its distinct character
[SOURCE: ISO 7563:1998, definition 1.12]
Note 1 to entry: The concept of “cultivar” is essentially different from the concept of the botanical variety
“varietas”, in that
— “cultivar” is an infraspecific division resulting from controlled selection, even if empirical;
— “varietas” is an infraspecific division resulting from natural selection.
The terms “cultivar” and “variety” (in the sense of cultivated variety) are equivalent. In translations or adaptations
of botanical nomenclature for particular uses, the terms “cultivar” or “variety” (or their equivalents in other
languages) may be used in text.
Note 2 to entry: The names of botanical varieties and species are always in Latin form and are governed by
botanical nomenclature.
3.1.2
species
group of organisms that have a high level of genetic (DNA) similarity and are capable of interbreeding:
often containing subspecies, varieties or races
Note 1 to entry: A species is designated in italics by the genus name followed by the specific name, e.g. Ananas comosus.
3.1.3
variety
unique and uniform member of a species of plant (except for hybrid species) that retains its characteristics
from generation to generation through its natural mode of reproduction
[SOURCE: ISO 5527:—, definition 2.1.7, modified — the other preferred term “cultivar” has been deleted.]
3.2 Terms related to DNA/RNA extraction and purification
3.2.1
nucleic acid extraction
sample treatment for the liberation of target nucleic acid
Note 1 to entry: The nucleic acid extraction procedure is used for isolating nucleic acids from other cellular
components, such as protein, lipids, carbohydrates and other impurities in a test sample.
[SOURCE: ISO 22174:2005, definition 3.2.1, modified — Note 1 has been added.]
3.2.2
nucleic acid purification
method resulting in a more purified DNA
Note 1 to entry: A procedure or process involving sequential steps used to separate DNA and/or RNA from other
components in a sample. A highly purified DNA or RNA sample contains negligible observable or measurable
effects attributable to inhibitors of the polymerase chain reaction.
Note 2 to entry: In this context, purity refers to the reduction of observable and measurable effects of PCR inhibitors.
[SOURCE: ISO 22174:2005, definition 3.2.2, modified — Note 1 has been added; Note 2 has been modified.]
3.3 Terms related to PCR amplification of nucleic acids
3.3.1
amplicon
specific DNA fragment produced by a DNA-amplification technology, such as the polymerase chain
reaction (PCR)
3.3.2
hybridization
specific binding of complementary nucleic acid sequences under suitable reaction conditions
[SOURCE: ISO 22174:2005, definition 3.6.3]
3.3.3
multiplex PCR
PCR that uses multiple pairs of primers in different loci combined within a single reaction mixture to
produce multiple amplicons simultaneously
[SOURCE: ISO 22174:2005, definition 3.4.11, modified — the phrase following “primers” has been added.]
3.3.4
polymerase chain reaction
PCR
enzymatic procedure which allows in vitro amplification of DNA
[SOURCE: ISO 22174:2005, definition 3.4.1]
2 © ISO 2013 – All rights reserved
3.3.5
primer
oligonucleotide of defined length and sequence complementary to a segment of an analytically
relevant DNA sequence
[SOURCE: ISO 22174:2005, definition 3.4.12]
3.3.6
probe
labelled nucleic acid molecule with a defined sequence used to detect target DNA by hybridization
[SOURCE: ISO 22174:2005, definition 3.6.1, modified — the term was originally “DNA probe”.]
3.3.7
specificity
property of a method to respond exclusively to the characteristic or analyte under investigation
Note 1 to entry: It describes the ability to specifically recognize the nucleic acid sequence to be detected by
distinguishing it from other nucleic acid sequences, and the tendency for a primer or probe to hybridize with its
intended target and not hybridize with other non-target sequences.
[SOURCE: ISO 24276:2006, definition 3.1.4, modified — Note 1 has been added.]
3.3.8
thermocycler
automated laboratory apparatus used to repeatedly raise and lower the temperature of a sample by
cycling through a series of discrete, pre-programmed steps
Note 1 to entry: This cycling of temperatures drives the PCR process.
3.4 Terms related to detection
3.4.1
electrophoresis
method of separating electrically-charged particles by their differential migration under an electric field
Note 1 to entry: PCR products can be separated by various types of electrophoresis.
3.5 Terms related to controls
3.5.1
reference sample
reference material
material or substance, one or more of whose property values are sufficiently homogeneous and well
established to be used for the calibration of an apparatus, the assessment of a measurement method, or
for assigning values to materials
Note 1 to entry: The reference material may be either provided by the customer, internal to the laboratory, or an
officially-designated reference.
[SOURCE: ISO Guide 30]
[SOURCE: ISO 24276:2006, definition 3.5.1, modified — Note 1 has been added.]
3.5.2
test control
one or more samples that have undergone all or part of the analytical process designed for the target
samples and which can reveal known alleles of the markers used, thereby signalling any process errors
and providing reference alleles which can facilitate the reading of results
3.6 Terms related to markers
3.6.1
allele competition
preferential amplification of one allele over another in a heterozygote or a mixture
3.6.2
allele frequency
measure of how common an allele is in a population; the proportion or percentage of all of the occurrences
of a locus that is occupied by a given allele
3.6.3
marker
genetic marker that typically applies to DNA fragments matching a given locus that gives information on
the genotype of the carrier or on the genotype of neighbouring loci
3.6.4
null allele
sequence variant that precludes PCR amplification of a particular target, resulting in
the absence of detectable PCR product
3.6.5
repeat region
genomic region in which a particular DNA or RNA sequence occurs as multiple copies
3.6.6
simple sequence repeat
SSR
region of DNA consisting of a short (1 bp to 6 bp) sequence (repeat unit) that is tandemly repeated many
(typically five to 50) times
Note 1 to entry: SSRs are commonly known as microsatellites.
Note 2 to entry: The number of repeat units present at a specified SSR, and thus the overall length of the SSR, often
varies among individuals.
3.6.7
single nucleotide polymorphism
SNP
single nucleotide variation in a genetic sequence that occurs at appreciable frequency in the population
Note 1 to entry: SNP is often pronounced “snip”.
[SOURCE: ISO 25720:2009, definition 4.23, modified — Note 1 has been added.]
4 Quality assurance on the test results
The requirements and guidelines set out in Table 1 are coded as follows:
— C: compulsory;
—
...
NORME ISO
INTERNATIONALE 13495
Première édition
2013-11-01
Produits alimentaires — Principes
de sélection et critères de validation
des méthodes d’identification
variétale utilisant des acides
nucléiques spécifiques
Foodstuffs — Principles of selection and criteria of validation for
varietal identification methods using specific nucleic acid
Numéro de référence
©
ISO 2013
DOCUMENT PROTÉGÉ PAR COPYRIGHT
© ISO 2013
Droits de reproduction réservés. Sauf indication contraire, aucune partie de cette publication ne peut être reproduite ni utilisée
sous quelque forme que ce soit et par aucun procédé, électronique ou mécanique, y compris la photocopie, l’affichage sur
l’internet ou sur un Intranet, sans autorisation écrite préalable. Les demandes d’autorisation peuvent être adressées à l’ISO à
l’adresse ci-après ou au comité membre de l’ISO dans le pays du demandeur.
ISO copyright office
Case postale 56 • CH-1211 Geneva 20
Tel. + 41 22 749 01 11
Fax + 41 22 749 09 47
E-mail copyright@iso.org
Web www.iso.org
Publié en Suisse
ii © ISO 2013 – Tous droits réservés
Sommaire Page
Avant-propos .iv
Introduction .v
1 Domaine d’application . 1
2 Références normatives . 1
3 Termes et définitions . 1
3.1 Termes relatifs à la variété . 1
3.2 Termes relatifs à l’extraction et à la purification de l’ADN/ARN . 2
3.3 Termes relatifs à l’amplification des acides nucléiques par PCR . 2
3.4 Termes relatifs à la détection . 3
3.5 Termes relatifs aux témoins . 3
3.6 Termes relatifs aux marqueurs . 4
4 Assurance qualité des résultats d’essai . 4
5 Choix des méthodes . 6
6 Choix des marqueurs . 6
6.1 Critères généraux . 6
6.2 Choix du jeu de marqueurs . 6
6.3 Marqueurs SSR . 6
6.4 Polymorphisme mononucléotidique (SNP) . 7
7 Échantillons pour laboratoire . 7
7.1 Échantillon . 7
7.2 Taille de l’échantillon . 7
7.3 Matériau de référence . 7
8 Validation en laboratoire . 8
8.1 Généralités . 8
8.2 Critères de validation intralaboratoire . 8
8.3 Critères de validation interlaboratoires . 9
9 Interprétation et expression des résultats .11
9.1 Généralités .11
9.2 Système de notation des données .11
9.3 Analyse des résultats .11
9.4 Expression des résultats .12
10 Rapport d’essai .12
Bibliographie .13
Avant-propos
L’ISO (Organisation internationale de normalisation) est une fédération mondiale d’organismes
nationaux de normalisation (comités membres de l’ISO). L’élaboration des Normes internationales est
en général confiée aux comités techniques de l’ISO. Chaque comité membre intéressé par une étude
a le droit de faire partie du comité technique créé à cet effet. Les organisations internationales,
gouvernementales et non gouvernementales, en liaison avec l’ISO participent également aux travaux.
L’ISO collabore étroitement avec la Commission électrotechnique internationale (CEI) en ce qui concerne
la normalisation électrotechnique.
Les procédures utilisées pour élaborer le présent document et celles destinées à sa mise à jour sont
décrites dans les Directives ISO/CEI, Partie 1. Il convient, en particulier, de prendre note des différents
critères d’approbation requis pour les différents types de documents ISO. Le présent document a été
rédigé conformément aux règles de rédaction données dans les Directives ISO/CEI, Partie 2, www.iso.
org/directives.
L’attention est appelée sur le fait que certains des éléments du présent document peuvent faire l’objet de
droits de propriété intellectuelle ou de droits analogues. L’ISO ne saurait être tenue pour responsable
de ne pas avoir identifié de tels droits de propriété et averti de leur existence. Les détails concernant les
références aux droits de propriété intellectuelle ou autres droits analogues identifiés lors de l’élaboration
du document sont indiqués dans l’Introduction et/ou sur la liste ISO des déclarations de brevets reçues,
www.iso.org/brevets.
Les éventuelles appellations commerciales utilisées dans le présent document sont données pour
information à l’intention des utilisateurs et ne constituent pas une approbation ou une recommandation.
Le comité chargé de l’élaboration du présent document est l’ISO/TC 34, Produits alimentaires, sous-
comité SC 16, Méthodes horizontales pour l’analyse moléculaire de biomarqueurs.
iv © ISO 2013 – Tous droits réservés
Introduction
La présente Norme internationale présente des lignes directrices en vue du choix et de la validation
des méthodologies utilisées pour produire des données moléculaires de haute qualité destinées à
l’identification variétale.
Les essais d’identification variétale nécessitent des marqueurs de haute qualité capables de fournir des
données reproductibles en utilisant une diversité d’équipements, de produits chimiques et de réactifs.
Par conséquent, seules des méthodes d’amplification spécifiques sont traitées dans la présente Norme
internationale.
La présente Norme internationale a pour objectif d’assurer la compatibilité des méthodes d’analyse
par rapport aux demandes du client, de lister les différentes étapes pour la validation des méthodes
et de définir des critères d’acceptation. Elle garantit également que les principes généraux utilisés
pour effectuer ces analyses seront identiques dans tous les laboratoires (matériau de référence, taille
de l’échantillon, échantillon pour laboratoire, prise d’essai, extraction, analyse et interprétation des
résultats, certificat d’analyse).
Enfin, la présente Norme internationale participe à l’homogénéisation des résultats obtenus dans les
différents laboratoires.
NORME INTERNATIONALE ISO 13495:2013(F)
Produits alimentaires — Principes de sélection et critères
de validation des méthodes d’identification variétale
utilisant des acides nucléiques spécifiques
1 Domaine d’application
La présente Norme internationale spécifie des outils moléculaires qui permettent d’établir des profils
moléculaires de variétés d’espèces végétales aux fins de l’identification variétale, c’est-à-dire la
confirmation d’identité par rapport à une ou plusieurs références.
La présente Norme internationale s’applique à différentes matrices (semences, feuilles, racines, produits
industriels) constituées d’une seule variété. Les matrices se présentant sous forme de mélanges de
variétés (purées, compotes, farines) sont exclues du domaine d’application du présent document.
La présente Norme internationale ne traite pas de la pureté génétique.
2 Références normatives
Les documents suivants, en tout ou partie, sont référencés de manière normative dans le présent
document et sont indispensables pour son application. Pour les références datées, seule l’édition citée
s’applique. Pour les références non datées, la dernière édition du document de référence s’applique (y
compris les éventuels amendements).
ISO/CEI 17025:2005, Exigences générales concernant la compétence des laboratoires d’étalonnages et d’essais
3 Termes et définitions
Pour les besoins du présent document, les termes et définitions suivants s’appliquent.
3.1 Termes relatifs à la variété
3.1.1
cultivar
ensemble de plantes cultivées pouvant être clairement défini par des caractéristiques morphologiques,
physiques, cytologiques, chimiques ou autres et qui, après reproduction sexuée ou asexuée, conserve ses
caractères distinctifs
[SOURCE: ISO 7563:1998, définition 1.12]
Note 1 à l’article: Le concept de «cultivar» diffère essentiellement du concept de variété botanique «varietas» en ce que:
— «cultivar» est une division infraspécifique résultant d’une sélection contrôlée, même empirique;
— «varietas» est une division infraspécifique résultant d’une sélection naturelle.
Les termes «cultivar» et «variété» (au sens de variété cultivée) sont équivalents. Dans les traductions ou les
adaptations de la nomenclature botanique à des fins particulières, les termes «cultivar» ou «variété» (ou leurs
équivalents dans d’autres langues) peuvent être employés dans le texte.
Note 2 à l’article: Les noms des propriétés et des espèces botaniques sont toujours présentés sous forme latine et
sont régis par la nomenclature botanique.
3.1.2
espèce
groupe d’organismes présentant un haut niveau de similitude génétique (ADN) et pouvant se croiser
entre eux; contenant souvent des sous-espèces, des variétés ou des races
Note 1 à l’article: Une espèce est désignée en italique par le nom du genre suivi du nom spécifique, par exemple
Ananas comosus.
3.1.3
variété
individu unique et uniforme d’une espèce végétale (à l’exception des espèces hybrides) qui conserve ses
caractéristiques de génération en génération, par son mode de reproduction naturel
[SOURCE: ISO 5527:—, définition 2.1.7, modifiée — l’autre terme préféré «cultivar» a été supprimé.]
3.2 Termes relatifs à l’extraction et à la purification de l’ADN/ARN
3.2.1
extraction de l’acide nucléique
préparation d’un échantillon pour la libération de l’acide nucléique cible
Note 1 à l’article: Le mode opératoire d’extraction de l’acide nucléique est utilisé pour isoler les acides nucléiques
des autres composants cellulaires tels que les protéines, les lipides, les glucides, ainsi que les autres impuretés
dans un échantillon pour essai.
[SOURCE: ISO 22174:2005, définition 3.2.1, modifiée — La Note 1 a été ajoutée.]
3.2.2
purification de l’acide nucléique
méthode permettant d’obtenir un ADN purifié
Note 1 à l’article: Mode opératoire ou méthode impliquant des étapes séquentielles et utilisé(e) pour séparer
l’ADN et/ou l’ARN des autres composants dans un échantillon Un échantillon d’ADN ou d’ARN hautement purifié
contient des effets observables et mesurables négligeables pouvant être attribués aux inhibiteurs de la réaction
de polymérisation en chaîne.
Note 2 à l’article: Dans ce contexte, la pureté renvoie à la réduction d’effets observables et mesurables
d’inhibiteurs de PCR.
[SOURCE: ISO 22174:2005, définition 3.2.2, modifiée — La Note 1 a été ajoutée; la Note 2 a été modifiée.]
3.3 Termes relatifs à l’amplification des acides nucléiques par PCR
3.3.1
amplicon
fragment d’ADN spécifique produit par une technologie d’amplification de l’ADN telle que la réaction de
polymérisation en chaîne (PCR)
3.3.2
hybridation
liaison spécifique de séquences complémentaires d’acides nucléiques dans les conditions de réaction
appropriées
[SOURCE: ISO 22174:2005, définition 3.6.3]
3.3.3
PCR multiplex
PCR qui utilise des paires d’amorces multiples dans différents loci combinés au sein d’un seul mélange
de réaction pour produire plusieurs amplicons simultanément
[SOURCE: ISO 22174:2005, définition 3.4.11, modifiée — la portion de phrase suivant «amorces multiples»
a été ajoutée.]
2 © ISO 2013 – Tous droits réservés
3.3.4
réaction de polymérisation en chaîne
PCR
méthode enzymatique permettant l’amplification in vitro de l’ADN
[SOURCE: ISO 22174:2005, définition 3.4.1]
3.3.5
amorce
oligonucléotide de longueur et de séquence définies, complémentaire d’un segment d’une séquence
d’ADN pertinente pour l’analyse
[SOURCE: ISO 22174:2005, définition 3.4.12]
3.3.6
sonde d’ADN
molécule d’acide nucléique marqué ayant une séquence définie, utilisée pour détecter l’ADN cible
par hybridation
[SOURCE: ISO 22174:2005, définition 3.6.1]
3.3.7
spécificité
propriété d’une méthode à répondre exclusivement à la caractéristique ou à l’analyte soumis à essai
Note 1 à l’article: Elle décrit l’aptitude à reconnaître spécifiquement la séquence d’acide nucléique à détecter en la
distinguant des autres séquences d’acide nucléique et la tendance d’une amorce ou d’une sonde à s’hybrider avec
sa cible prévue et à ne pas s’hybrider avec les autres séquences non cibles.
[SOURCE: ISO 24276:2006, définition 3.1.4, modifiée — La Note 1 a été ajoutée.]
3.3.8
thermocycleur
appareil de laboratoire automatique utilisé pour augmenter et baisser la température d’un échantillon de
façon répétée en réalisant des cycles par l’intermédiaire d’une série d’étapes discrètes préprogrammées
Note 1 à l’article: Ce cyclage des températures amorce le processus de PCR.
3.4 Termes relatifs à la détection
3.4.1
électrophorèse
méthode de séparation de particules chargées électriquement par migration différentielle sous l’action
d’un champ électrique
Note 1 à l’article: Les produits PCR peuvent être séparés par différents types d’électrophorèse.
3.5 Termes relatifs aux témoins
3.5.1
témoin d’identification
matériau de référence
matériau ou substance dont une ou plusieurs valeurs des propriétés sont suffisamment homogènes et
bien définies pour permettre de l’utiliser pour l’étalonnage d’un appareil, l’évaluation d’une méthode de
mesure ou l’attribution de valeurs aux matériaux
Note 1 à l’article: Le matériau de référence peut être fourni par le client, être interne au laboratoire ou être une
référence officielle.
[SOURCE: Guide ISO 30]
[SOURCE: ISO 24276:2006, définition 3.5.1, modifiée — La Note 1 a été ajoutée.]
3.5.2
témoin de manipulation
un ou plusieurs échantillons ayant subi une partie ou la totalité du processus analytique des échantillons
cibles et permettant de révéler des allèles connus des marqueurs utilisés, en servant ainsi à repérer les
erreurs de processus et en fournissant des allèles de référence susceptibles de faciliter la lecture des résultats
3.6 Termes relatifs aux marqueurs
3.6.1
compétition allélique
amplification préférentielle d’un allèle par rapport à un autre dans le cas d’un hétérozygote ou d’un mélange
3.6.2
fréquence allélique
mesure de la fréquence d’un allèle dans une population; proportion ou pourcentage total(e) d’apparition
d’un locus occupé par un allèle donné
3.6.3
marqueur
marqueur génétique qui s’applique généralement aux fragments d’ADN correspondant à un locus donné
qui renseigne sur le génotype de l’individu qui le porte ou sur le génotype des loci voisins
3.6.4
allèle nul
variant de séquence qui exclut l’amplification par PCR d’une cible particulière,
résultant en l’absence de produit PCR détectable
3.6.5
région répétée
région du génome dans laquelle une séquence d’ADN ou d’ARN spécifique est présente en plusieurs copies
3.6.6
marqueur SSR
[abréviation de Simple Sequence Repeat]
région de l’ADN constituée d’une courte (1 pb à 6 pb) séquence (unité de répétition) qui est répétée en
tandem à de nombreuses (généralement 5 à 50) reprises
Note 1 à l’article: Les SSR sont généralement appelés «microsatellites».
Note 2 à l’article: Le nombre d’unités de répétition présentes à un SSR spécifié, et donc la longueur globale du SSR,
varie souvent selon les individus.
3.6.7
polymorphisme mononucléotidique
SNP
variation mononucléotidique dans une séquence génétique qui se produit à une fréquence appréciable
dans la population
Note 1 à l’article: SNP se prononce souvent «snip».
[SOURCE: ISO 25720:2009, définition 4.23, modifiée — La Note 1 a été ajoutée.]
4 Assurance qualité des résultats d’essai
Les exigences et lignes directrices présentées dans le Tableau 1 utilisent le code suivant:
— O: Obligatoire; C: Conseillé.
4 © ISO 2013 – Tous droits réservés
Tableau 1 — Exigences et lignes directrices relatives aux résultats d’essai
PERSONNEL
Le personnel qui exécute des tâches spécifiques doit être qualifié sur la base d’un niveau d’études, d’une forma-
tion, d’une expérience appropriés et/ou de compétences démontrées, selon les tâches exigées.
Critères Exigence (O ou C)
Formation à l’utilisation du ma
...
МЕЖДУНАРОДНЫЙ ISO
СТАНДАРТ 13495
Первое издание
2013-11-01
Пищевые продукты. Принципы выбора
и критерии валидации для методов
сортовой идентификации с
использованием специфической
нуклеиновой кислоты
Foodstuffs — Principles of selection and criteria of validation for varietal
identification methods using specific nucleic acid
.
Ответственность за подготовку русской версии несѐт GOST R
(Российская Федерация) в соответствии со статьѐй 18.1 Устава ISO
Ссылочный номер
©
ISO 2013
ДОКУМЕНТ ЗАЩИЩЕН АВТОРСКИМ ПРАВОМ
© ISO 2013
Все права сохраняются. Если не задано иначе, никакую часть настоящей публикации нельзя копировать или использовать в
какой-либо форме или каким-либо электронным или механическим способом, включая фотокопии и микрофильмы, без
предварительного письменного согласия офиса ISO по адресу, указанному ниже, или членов ISO в стране регистрации
пребывания.
ISO copyright office
Case postale 56 CH-1211 Geneva 20
Tel. + 41 22 749 01 11
Fax + 41 22 749 09 47
E-mail copyright@iso.org
Web www.iso.org
Опубликовано в Швейцарии
ii © ISO 2013 – Все права сохраняются
Содержание Страница
Предисловие .iv
Введение .v
1 Область применения .1
2 Нормативные ссылки .1
3 Термины и определения .1
3.1 Термины, относящиеся к сорту растений .1
3.2 Термины, относящиеся к выделению и очистке дезоксирибонуклеиновой кислоты
(DNA)/рибонуклеиновой кислоты (RNA) .2
3.3 Термины, относящиеся к амплификации нуклеиновых кислот методом PCR.2
3.4 Термины, относящиеся к обнаружению .4
3.5 Термины, относящиеся к контролям .4
3.6 Термины, относящиеся к маркѐрам .4
4 Обеспечение качества результатов испытания .5
5 Выбор методов .7
6 Выбор маркѐров .7
6.1 Общие критерии .7
6.2 Выбор набора маркѐров .7
6.3 Маркѐры SSR .7
6.4 Однонуклеотидный полиморфизм (SNP) .8
7 Лабораторные пробы .8
7.1 Проба .8
7.2 Размер пробы .8
7.3 Стандартный образец .8
8 Лабораторная валидация .9
8.1 Общие вопросы .9
8.2 Критерии внутрилабораторной валидации .9
8.3 Критерии межлабораторной валидации . 11
9 Интерпретация и выражение результатов . 12
9.1 Общие вопросы . 12
9.2 Система комментирования данных . 12
9.3 Анализ результатов . 12
9.4 Выражение результатов . 13
10 Протокол испытания . 13
Библиография . 15
© ISO 2013 – Все права сохраняются iii
Предисловие
Международная организация по стандартизации (ISO) является Всемирной федерацией национальных
организаций по стандартизации (комитетов-членов ISO). Разработка международных стандартов
обычно осуществляется техническими комитетами ISO. Каждый комитет-член, заинтересованный в
деятельности, для которой был создан технический комитет, имеет право быть представленным в этом
комитете. Международные правительственные и неправительственные организации, имеющие связи с
ISO, также принимают участие в работах. Что касается стандартизации в области электротехники, ISO
работает в тесном сотрудничестве с Международной электротехнической комиссией (IEC).
Процедуры, используемые для разработки настоящего документа, и процедуры, предназначенные для
его последующего ведения, описаны в Директивах ISO/IEC, Часть 1. В частности, должны быть
указаны разные критерии подхода к различным типам документов ISO. Проект настоящего документа
был разработан по редакционным правилам, указанным в Директивах ISO/IEC, Часть 2.
www.iso.org/directives
Обращается внимание на возможность того, что некоторые элементы данного международного
стандарта могут быть объектом патентных прав. ISO не несет ответственности за идентификацию
какого-либо или всех таких патентных прав. Детали любых патентных прав, идентифицированных при
разработке настоящего документа, будут указаны во введении или в списке ISO полученных патентных
деклараций. www.iso.org/patents
Любое фирменное название, используемое в этом документе, указывается только как информация для
удобства пользователей и не является рекомендацией.
Комитетом, ответственным за этот документ, является ISO/TC 34, Пищевые продукты, Подкомитет SC
16, Горизонтальные методы для молекулярного анализа биомаркёров.
iv © ISO 2013 – Все права сохраняются
Введение
Настоящий международный стандарт дает общие руководящие указания для содействия в принятии
решений и валидации протоколов, используемых для получения высококачественных молекулярных
данных для сортовой идентификации.
Для анализа сортовой идентификации требуются высококачественные маркѐры, которые могут
обеспечить воспроизводимые данные при использовании разнообразного оборудования, химических
процессов и реагентов. Соответственно в данном международном стандарте рассматриваются только
методы специфической амплификации.
Цель настоящего международного стандарта состоит в том, чтобы обеспечить методы анализа
совместимые с запросами потребителя, представить различные шаги к выполнению валидации метода
и определить критерии приемки. Он также гарантирует, что общие принципы, применяемые в
проведении этих анализов, будут одинаковы во всех лабораториях (стандартный образец, размер
пробы, лабораторная проба, испытательный образец, извлечение, анализ и интерпретация
результатов, сертификат анализа).
Наконец, этот международный стандарт является существенным для стандартизации результатов,
полученных различными лабораториями
© ISO 2013 – Все права сохраняются v
МЕЖДУНАРОДНЫЙ СТАНДАРТ
Пищевые продукты. Принципы выбора и критерии
валидации для методов сортовой идентификации с
использованием специфической нуклеиновой кислоты
1 Область применения
Настоящий международный стандарт устанавливает молекулярные инструменты для создания
молекулярных профилей разнообразных видов растений, позволяющих провести сортовую
идентификацию, т.е. подтверждение идентичности в отношении одной или более ссылок.
Этот международный стандарт применяется для различных матриц, семян, листьев, корней,
промышленных продуктов, состоящих только из одного сорта. Матрицы, представленные в виде
смесей различных сортов (таких как пюре, компоты, мука) исключены из области применения этого
документа.
Настоящий международный стандарт не распространяется на генетическую чистоту.
2 Нормативные ссылки
Следующие ссылочные нормативные документы целиком или частично являются обязательными при
применении данного документа. Для жестких ссылок применяется только цитированное издание
документа. Для плавающих ссылок необходимо использовать самое последнее издание нормативного
ссылочного документа (включая любые изменения).
ISO/IEC 17025:2005, Общие требования к компетентности испытательных и калибровочных
лабораторий
3 Термины и определения
Применительно к этому документу используются термины и определения, данные в ISO 8196|IDF 128
(все части), и нижеследующие.
3.1 Термины, относящиеся к сорту растений
3.1.1
культивар
сорт растений
cultivar
совокупность культивируемых растений, которая явственно отличается морфологическими,
физическими, цитологическими, химическими или другими признаками и сохраняет свои
отличительные признаки при половом или бесполом размножении
[ИСТОЧНИК: ISO 7563:1998, определение 1.12]
Примечание 1 к статье: Понятие ―культивар‖ существенно отличается от понятия ботанической
разновидности ―лат. varietas‖, в следующем
— ―культивар‖ является внутривидовой категорией, образующейся в результате регулируемой селекции, даже
эмпирической;
— ―разновидность‖ является внутривидовой категорией, образующейся в результате естественного отбора.
Термины ―культивар‖ и ―сорт растений‖ (в смысле культурной разновидности) эквивалентны. В тексте переводов
или адаптациях ботанической номенклатуры для конкретных целей можно использовать термины ―культивар‖ или
―сорт растений‖ (или их эквиваленты на других языках).
Примечание 2 к статье: Названия ботанических разновидностей и видов всегда даются на латинском языке
согласно ботанической номенклатуре.
3.1.2
вид
species
совокупность организмов, которые имеют высокий уровень генетического (DNA) сходства и способны к
взаимному скрещиванию: часто содержат подвиды, разновидности или расы
Примечание 1 к статье: Вид обозначается указанием родового названия с последующим видовым названием,
которые набираются курсивом, например Ananas comosus.
3.1.3
разновидность
variety
уникальная и однородная часть вида растения (кроме гибридного вида), которая сохраняет его
признаки от поколения к поколению путем естественного размножения
[ИСТОЧНИК: ISO 5527:—, определение 2.1.7 изменено — другой предпочтительный термин ―культивар‖ исключен.]
3.2 Термины, относящиеся к выделению и очистке дезоксирибонуклеиновой кислоты
(DNA)/рибонуклеиновой кислоты (RNA)
3.2.1
выделение нуклеиновой кислоты
nucleic acid extraction
обработка пробы для высвобождения целевой нуклеиновой кислоты
Примечание 1 к статье: Процедура выделения нуклеиновой кислоты используется для отделения нуклеиновых кислот от
других клеточных компонентов, таких как, белок, липиды, углеводы и другие примеси в испытательном образце.
[ИСТОЧНИК: ISO 22174:2005, определение 3.2.1 изменено — добавлено Примечание 1.]
3.2.2
очистка нуклеиновой кислоты
nucleic acid purification
метод, обеспечивающий высокую очистку DNA
Примечание 1 к з статье: Процедура или процесс, включающие последовательные шаги для отделения DNA и/или
RNA от других компонентов в пробе. В пробе высокоочищенной DNA или RNA отмечаются незначительные
наблюдаемые или измеряемые эффекты, которые относят за счет ингибиторов полимеразной цепной реакции.
ПРИМЕЧАНИЕ 2 к статье: В этом контексте чистота относится к уменьшению наблюдаемых и измеряемых
эффектов ингибиторов полимеразной цепной реакции (PCR).
[ИСТОЧНИК: ISO 22174:2005, определение 3.2.2 изменено — Примечание 1 добавлено; Примечание 2 изменено.]
3.3 Термины, относящиеся к амплификации нуклеиновых кислот методом PCR
3.3.1
ампликон
amplicon
специфический фрагмент DNA, образуемый методом DNA-амплификации, такой как полимеразная
цепная реакция (PCR)
2 © ISO 2013 – Все права сохраняются
3.3.2
гибридизация
hybridization
специфическое связывание комплементарных последовательностей нуклеиновых кислот при
соответствующих условиях реакции
[ИСТОЧНИК: ISO 22174:2005, определение 3.6.3]
3.3.3
мультиплексная PCR
multiplex PCR
PCR, в которой используются несколько пар праймеров в различных локусах, комбинированных в
пределах единичной реакционной смеси для образования нескольких ампликонов одновременно
[ИСТОЧНИК: ISO 22174:2005, определение 3.4.11 изменено — добавлена фраза после ―праймеров‖.]
3.3.4
полимеразная цепная реакция
polymerase chain reaction
PCR
Ферментативная реакция, которая позволяет проведение амплификации DNA in vitro
[ИСТОЧНИК: ISO 22174:2005, определение 3.4.1]
3.3.5
праймер
primer
олигонуклеотид определенной длины и последовательности, комплементарный фрагменту
аналитически релевантной последовательности DNA
[ИСТОЧНИК: ISO 22174:2005, определение 3.4.12]
3.3.6
зонд
probe
меченая молекула с определенной последовательностью, используемая для обнаружения целевой
DNA посредством гибридизации
[ИСТОЧНИК: ISO 22174:2005, определение 3.6.1 изменено — первоначально указывался термин ―DNA-зонд‖.]
3.3.7
специфичность
specificity
способность метода реагировать исключительно на характеристику или аналит, которые исследуются
Примечание 1 к статье: Характеризуется способность распознавать исключительно последовательность
нуклеиновой кислоты, подлежащей анализу, отличая ее от других последовательностей нуклеиновой кислоты, а
также тенденция праймера или зонда скрещиваться с заданной мишенью и не скрещиваться с другими
нецелевыми последовательностями.
[ИСТОЧНИК: ISO 24276:2006, определение 3.1.4 изменено — добавлено Примечание 1.]
3.3.8
термоциклер
амплификатор
thermocycler
автоматизированный лабораторный прибор, применяемый для многократного циклического повышения и
понижения температуры пробы посредством ряда дискретных и запрограммированных шагов
Примечание 1 к статье: Это циклическое изменение температур управляет процессом PCR.
© ISO 2013 – Все права сохраняются 3
3.4 Термины, относящиеся к обнаружению
3.4.1
электрофорез
electrophoresis
метод отделения электрически заряженных частиц посредством их дифференциальной миграции под
действием электрического поля
Примечание 1 к статье: Для отделения продуктов PCR можно использовать различные типы электрофореза.
3.5 Термины, относящиеся к контролям
3.5.1
стандартный образец
reference sample
reference material
материал или вещество, значения одного или более свойств которого достаточно однородны и
достоверно установлены, чтобы их использовать для калибровки прибора, оценки метода измерения
или для приписывания значений для соответствующих материалов
Примечание 1 к статье: Стандартный образец может предоставляться заказчиком, быть внутрилабораторным или
официально назначенным.
[ИСТОЧНИК: ISO Guide 30]
[ИСТОЧНИК: ISO 24276:2006, определение 3.5.1 изменено — добавлено Примечание 1.]
3.5.2
контроль испытания
test control
один или более образцов, которые были подвергнуты всему или частичному процессу анализа,
предназначенного для целевых образцов, и которые могут выявить известные аллели используемых
маркѐров, тем самым сигнализируя о любых ошибках процесса и обеспечивая стандартные образцы
аллелей, которые могут способствовать считыванию результатов
3.6 Термины, относящиеся к маркѐрам
3.6.1
конкуренция аллелей
allele competition
предпочтительная амплификация одного аллеля относительно другого в гетерозиготе или смеси
3.6.2
частота аллеля
allele frequency
величина, показывающая, насколько определенный аллель является общим для всей популяции; доля
или процентное отношение всех встречаемостей локуса, который занят данным аллелем
3.6.3
маркѐр
marker
генетический маркѐр, который обычно относится к фрагментам DNA, соответствующим данному локусу,
и дает информацию о генотипе носителя или генотипе соседних локусов
3.6.4
нулевой аллель
null allele
<контекст PCR> вариант последовательности, который препятствует амплификации PCR для
конкретной мишени, приводя к отсутствию детектируемого продукта PCR
4 © ISO 2013 – Все права сохраняются
3.6.5
область повтора
repeat region
геномная область, в которой конкретная последовательность DNA или RNA появляется в нескольких
копиях
3.6.6
простой повтор последовательностей
simple sequence repeat
SSR
область DNA, состоящая из короткой последовательности (1 пара оснований до 6 пар оснований)
(единица повтора), которая тандемно повторяется много раз (как правило, от 5 до 50)
Примечание 1 к статье: простые повторы последовательностей (SSRs) известны как микросателлиты.
Примечание 2 к статье: Количество единиц повтора при заданном SSR, так что общая длина SSR часто меняется
между индивидами.
3.6.7
однонуклеотидный полиморфизм
single nucleotide polymorphism
SNP
изменчивость единичных нуклеотидов в генетической последовательности, которая происходит в
популяции с заметной частотой
Примечание 1 к статье: SNP часто произносится как ―снип‖.
[ИСТОЧНИК: ISO 25720:2009, определение 4.23 изменено — добавлено Примечание 1.]
4 Обеспечение качества результатов испытания
Требования и руководящие указания, приведенные в Таблице 1, обозначены следующим образом:
— C: Обязательные;
— R: Рекомендованные.
© ISO 2013 – Все права сохраняются 5
Таблица 1 Требования и руководящие указания для обеспечения качества результатов
испытания
ШТАТ
Все сотрудники, выполняющие конкретные задачи, должны иметь квалификацию на основе соответствующего
уровня образования, обучения, опыта и/или проверенной компетентности согласно требуемым навыкам,
ориентированным на задачу.
Критерии Требование (C или R)
Обучение использованию оборудования C
Обращение с химикатами C
Сотрудники, ответственные за представление мнений и
интерпретаций, должны быть хорошо знакомы с различными
генетическими структурами и используемыми системами семенной C
продуктивности, для того чтобы дать заказчикам совет и/или
предложить способы по интерпретации результатов.
ОБОРУДОВАНИЕ
Техническое обслуживание всех приборов и оборудования должно проводиться по инструкциям изготовителя.
Подходящие системы для калибровки приборов предоставляются.
...
МЕЖДУНАРОДНЫЙ ISO
СТАНДАРТ 13495
Первое издание
2013-11-01
Пищевые продукты. Принципы выбора
и критерии валидации для методов
сортовой идентификации с
использованием специфической
нуклеиновой кислоты
Foodstuffs — Principles of selection and criteria of validation for varietal
identification methods using specific nucleic acid
.
Ответственность за подготовку русской версии несѐт GOST R
(Российская Федерация) в соответствии со статьѐй 18.1 Устава ISO
Ссылочный номер
©
ISO 2013
ДОКУМЕНТ ЗАЩИЩЕН АВТОРСКИМ ПРАВОМ
© ISO 2013
Все права сохраняются. Если не задано иначе, никакую часть настоящей публикации нельзя копировать или использовать в
какой-либо форме или каким-либо электронным или механическим способом, включая фотокопии и микрофильмы, без
предварительного письменного согласия офиса ISO по адресу, указанному ниже, или членов ISO в стране регистрации
пребывания.
ISO copyright office
Case postale 56 CH-1211 Geneva 20
Tel. + 41 22 749 01 11
Fax + 41 22 749 09 47
E-mail copyright@iso.org
Web www.iso.org
Опубликовано в Швейцарии
ii © ISO 2013 – Все права сохраняются
Содержание Страница
Предисловие .iv
Введение .v
1 Область применения .1
2 Нормативные ссылки .1
3 Термины и определения .1
3.1 Термины, относящиеся к сорту растений .1
3.2 Термины, относящиеся к выделению и очистке дезоксирибонуклеиновой кислоты
(DNA)/рибонуклеиновой кислоты (RNA) .2
3.3 Термины, относящиеся к амплификации нуклеиновых кислот методом PCR.2
3.4 Термины, относящиеся к обнаружению .4
3.5 Термины, относящиеся к контролям .4
3.6 Термины, относящиеся к маркѐрам .4
4 Обеспечение качества результатов испытания .5
5 Выбор методов .7
6 Выбор маркѐров .7
6.1 Общие критерии .7
6.2 Выбор набора маркѐров .7
6.3 Маркѐры SSR .7
6.4 Однонуклеотидный полиморфизм (SNP) .8
7 Лабораторные пробы .8
7.1 Проба .8
7.2 Размер пробы .8
7.3 Стандартный образец .8
8 Лабораторная валидация .9
8.1 Общие вопросы .9
8.2 Критерии внутрилабораторной валидации .9
8.3 Критерии межлабораторной валидации . 11
9 Интерпретация и выражение результатов . 12
9.1 Общие вопросы . 12
9.2 Система комментирования данных . 12
9.3 Анализ результатов . 12
9.4 Выражение результатов . 13
10 Протокол испытания . 13
Библиография . 15
© ISO 2013 – Все права сохраняются iii
Предисловие
Международная организация по стандартизации (ISO) является Всемирной федерацией национальных
организаций по стандартизации (комитетов-членов ISO). Разработка международных стандартов
обычно осуществляется техническими комитетами ISO. Каждый комитет-член, заинтересованный в
деятельности, для которой был создан технический комитет, имеет право быть представленным в этом
комитете. Международные правительственные и неправительственные организации, имеющие связи с
ISO, также принимают участие в работах. Что касается стандартизации в области электротехники, ISO
работает в тесном сотрудничестве с Международной электротехнической комиссией (IEC).
Процедуры, используемые для разработки настоящего документа, и процедуры, предназначенные для
его последующего ведения, описаны в Директивах ISO/IEC, Часть 1. В частности, должны быть
указаны разные критерии подхода к различным типам документов ISO. Проект настоящего документа
был разработан по редакционным правилам, указанным в Директивах ISO/IEC, Часть 2.
www.iso.org/directives
Обращается внимание на возможность того, что некоторые элементы данного международного
стандарта могут быть объектом патентных прав. ISO не несет ответственности за идентификацию
какого-либо или всех таких патентных прав. Детали любых патентных прав, идентифицированных при
разработке настоящего документа, будут указаны во введении или в списке ISO полученных патентных
деклараций. www.iso.org/patents
Любое фирменное название, используемое в этом документе, указывается только как информация для
удобства пользователей и не является рекомендацией.
Комитетом, ответственным за этот документ, является ISO/TC 34, Пищевые продукты, Подкомитет SC
16, Горизонтальные методы для молекулярного анализа биомаркёров.
iv © ISO 2013 – Все права сохраняются
Введение
Настоящий международный стандарт дает общие руководящие указания для содействия в принятии
решений и валидации протоколов, используемых для получения высококачественных молекулярных
данных для сортовой идентификации.
Для анализа сортовой идентификации требуются высококачественные маркѐры, которые могут
обеспечить воспроизводимые данные при использовании разнообразного оборудования, химических
процессов и реагентов. Соответственно в данном международном стандарте рассматриваются только
методы специфической амплификации.
Цель настоящего международного стандарта состоит в том, чтобы обеспечить методы анализа
совместимые с запросами потребителя, представить различные шаги к выполнению валидации метода
и определить критерии приемки. Он также гарантирует, что общие принципы, применяемые в
проведении этих анализов, будут одинаковы во всех лабораториях (стандартный образец, размер
пробы, лабораторная проба, испытательный образец, извлечение, анализ и интерпретация
результатов, сертификат анализа).
Наконец, этот международный стандарт является существенным для стандартизации результатов,
полученных различными лабораториями
© ISO 2013 – Все права сохраняются v
МЕЖДУНАРОДНЫЙ СТАНДАРТ
Пищевые продукты. Принципы выбора и критерии
валидации для методов сортовой идентификации с
использованием специфической нуклеиновой кислоты
1 Область применения
Настоящий международный стандарт устанавливает молекулярные инструменты для создания
молекулярных профилей разнообразных видов растений, позволяющих провести сортовую
идентификацию, т.е. подтверждение идентичности в отношении одной или более ссылок.
Этот международный стандарт применяется для различных матриц, семян, листьев, корней,
промышленных продуктов, состоящих только из одного сорта. Матрицы, представленные в виде
смесей различных сортов (таких как пюре, компоты, мука) исключены из области применения этого
документа.
Настоящий международный стандарт не распространяется на генетическую чистоту.
2 Нормативные ссылки
Следующие ссылочные нормативные документы целиком или частично являются обязательными при
применении данного документа. Для жестких ссылок применяется только цитированное издание
документа. Для плавающих ссылок необходимо использовать самое последнее издание нормативного
ссылочного документа (включая любые изменения).
ISO/IEC 17025:2005, Общие требования к компетентности испытательных и калибровочных
лабораторий
3 Термины и определения
Применительно к этому документу используются термины и определения, данные в ISO 8196|IDF 128
(все части), и нижеследующие.
3.1 Термины, относящиеся к сорту растений
3.1.1
культивар
сорт растений
cultivar
совокупность культивируемых растений, которая явственно отличается морфологическими,
физическими, цитологическими, химическими или другими признаками и сохраняет свои
отличительные признаки при половом или бесполом размножении
[ИСТОЧНИК: ISO 7563:1998, определение 1.12]
Примечание 1 к статье: Понятие ―культивар‖ существенно отличается от понятия ботанической
разновидности ―лат. varietas‖, в следующем
— ―культивар‖ является внутривидовой категорией, образующейся в результате регулируемой селекции, даже
эмпирической;
— ―разновидность‖ является внутривидовой категорией, образующейся в результате естественного отбора.
Термины ―культивар‖ и ―сорт растений‖ (в смысле культурной разновидности) эквивалентны. В тексте переводов
или адаптациях ботанической номенклатуры для конкретных целей можно использовать термины ―культивар‖ или
―сорт растений‖ (или их эквиваленты на других языках).
Примечание 2 к статье: Названия ботанических разновидностей и видов всегда даются на латинском языке
согласно ботанической номенклатуре.
3.1.2
вид
species
совокупность организмов, которые имеют высокий уровень генетического (DNA) сходства и способны к
взаимному скрещиванию: часто содержат подвиды, разновидности или расы
Примечание 1 к статье: Вид обозначается указанием родового названия с последующим видовым названием,
которые набираются курсивом, например Ananas comosus.
3.1.3
разновидность
variety
уникальная и однородная часть вида растения (кроме гибридного вида), которая сохраняет его
признаки от поколения к поколению путем естественного размножения
[ИСТОЧНИК: ISO 5527:—, определение 2.1.7 изменено — другой предпочтительный термин ―культивар‖ исключен.]
3.2 Термины, относящиеся к выделению и очистке дезоксирибонуклеиновой кислоты
(DNA)/рибонуклеиновой кислоты (RNA)
3.2.1
выделение нуклеиновой кислоты
nucleic acid extraction
обработка пробы для высвобождения целевой нуклеиновой кислоты
Примечание 1 к статье: Процедура выделения нуклеиновой кислоты используется для отделения нуклеиновых кислот от
других клеточных компонентов, таких как, белок, липиды, углеводы и другие примеси в испытательном образце.
[ИСТОЧНИК: ISO 22174:2005, определение 3.2.1 изменено — добавлено Примечание 1.]
3.2.2
очистка нуклеиновой кислоты
nucleic acid purification
метод, обеспечивающий высокую очистку DNA
Примечание 1 к з статье: Процедура или процесс, включающие последовательные шаги для отделения DNA и/или
RNA от других компонентов в пробе. В пробе высокоочищенной DNA или RNA отмечаются незначительные
наблюдаемые или измеряемые эффекты, которые относят за счет ингибиторов полимеразной цепной реакции.
ПРИМЕЧАНИЕ 2 к статье: В этом контексте чистота относится к уменьшению наблюдаемых и измеряемых
эффектов ингибиторов полимеразной цепной реакции (PCR).
[ИСТОЧНИК: ISO 22174:2005, определение 3.2.2 изменено — Примечание 1 добавлено; Примечание 2 изменено.]
3.3 Термины, относящиеся к амплификации нуклеиновых кислот методом PCR
3.3.1
ампликон
amplicon
специфический фрагмент DNA, образуемый методом DNA-амплификации, такой как полимеразная
цепная реакция (PCR)
2 © ISO 2013 – Все права сохраняются
3.3.2
гибридизация
hybridization
специфическое связывание комплементарных последовательностей нуклеиновых кислот при
соответствующих условиях реакции
[ИСТОЧНИК: ISO 22174:2005, определение 3.6.3]
3.3.3
мультиплексная PCR
multiplex PCR
PCR, в которой используются несколько пар праймеров в различных локусах, комбинированных в
пределах единичной реакционной смеси для образования нескольких ампликонов одновременно
[ИСТОЧНИК: ISO 22174:2005, определение 3.4.11 изменено — добавлена фраза после ―праймеров‖.]
3.3.4
полимеразная цепная реакция
polymerase chain reaction
PCR
Ферментативная реакция, которая позволяет проведение амплификации DNA in vitro
[ИСТОЧНИК: ISO 22174:2005, определение 3.4.1]
3.3.5
праймер
primer
олигонуклеотид определенной длины и последовательности, комплементарный фрагменту
аналитически релевантной последовательности DNA
[ИСТОЧНИК: ISO 22174:2005, определение 3.4.12]
3.3.6
зонд
probe
меченая молекула с определенной последовательностью, используемая для обнаружения целевой
DNA посредством гибридизации
[ИСТОЧНИК: ISO 22174:2005, определение 3.6.1 изменено — первоначально указывался термин ―DNA-зонд‖.]
3.3.7
специфичность
specificity
способность метода реагировать исключительно на характеристику или аналит, которые исследуются
Примечание 1 к статье: Характеризуется способность распознавать исключительно последовательность
нуклеиновой кислоты, подлежащей анализу, отличая ее от других последовательностей нуклеиновой кислоты, а
также тенденция праймера или зонда скрещиваться с заданной мишенью и не скрещиваться с другими
нецелевыми последовательностями.
[ИСТОЧНИК: ISO 24276:2006, определение 3.1.4 изменено — добавлено Примечание 1.]
3.3.8
термоциклер
амплификатор
thermocycler
автоматизированный лабораторный прибор, применяемый для многократного циклического повышения и
понижения температуры пробы посредством ряда дискретных и запрограммированных шагов
Примечание 1 к статье: Это циклическое изменение температур управляет процессом PCR.
© ISO 2013 – Все права сохраняются 3
3.4 Термины, относящиеся к обнаружению
3.4.1
электрофорез
electrophoresis
метод отделения электрически заряженных частиц посредством их дифференциальной миграции под
действием электрического поля
Примечание 1 к статье: Для отделения продуктов PCR можно использовать различные типы электрофореза.
3.5 Термины, относящиеся к контролям
3.5.1
стандартный образец
reference sample
reference material
материал или вещество, значения одного или более свойств которого достаточно однородны и
достоверно установлены, чтобы их использовать для калибровки прибора, оценки метода измерения
или для приписывания значений для соответствующих материалов
Примечание 1 к статье: Стандартный образец может предоставляться заказчиком, быть внутрилабораторным или
официально назначенным.
[ИСТОЧНИК: ISO Guide 30]
[ИСТОЧНИК: ISO 24276:2006, определение 3.5.1 изменено — добавлено Примечание 1.]
3.5.2
контроль испытания
test control
один или более образцов, которые были подвергнуты всему или частичному процессу анализа,
предназначенного для целевых образцов, и которые могут выявить известные аллели используемых
маркѐров, тем самым сигнализируя о любых ошибках процесса и обеспечивая стандартные образцы
аллелей, которые могут способствовать считыванию результатов
3.6 Термины, относящиеся к маркѐрам
3.6.1
конкуренция аллелей
allele competition
предпочтительная амплификация одного аллеля относительно другого в гетерозиготе или смеси
3.6.2
частота аллеля
allele frequency
величина, показывающая, насколько определенный аллель является общим для всей популяции; доля
или процентное отношение всех встречаемостей локуса, который занят данным аллелем
3.6.3
маркѐр
marker
генетический маркѐр, который обычно относится к фрагментам DNA, соответствующим данному локусу,
и дает информацию о генотипе носителя или генотипе соседних локусов
3.6.4
нулевой аллель
null allele
<контекст PCR> вариант последовательности, который препятствует амплификации PCR для
конкретной мишени, приводя к отсутствию детектируемого продукта PCR
4 © ISO 2013 – Все права сохраняются
3.6.5
область повтора
repeat region
геномная область, в которой конкретная последовательность DNA или RNA появляется в нескольких
копиях
3.6.6
простой повтор последовательностей
simple sequence repeat
SSR
область DNA, состоящая из короткой последовательности (1 пара оснований до 6 пар оснований)
(единица повтора), которая тандемно повторяется много раз (как правило, от 5 до 50)
Примечание 1 к статье: простые повторы последовательностей (SSRs) известны как микросателлиты.
Примечание 2 к статье: Количество единиц повтора при заданном SSR, так что общая длина SSR часто меняется
между индивидами.
3.6.7
однонуклеотидный полиморфизм
single nucleotide polymorphism
SNP
изменчивость единичных нуклеотидов в генетической последовательности, которая происходит в
популяции с заметной частотой
Примечание 1 к статье: SNP часто произносится как ―снип‖.
[ИСТОЧНИК: ISO 25720:2009, определение 4.23 изменено — добавлено Примечание 1.]
4 Обеспечение качества результатов испытания
Требования и руководящие указания, приведенные в Таблице 1, обозначены следующим образом:
— C: Обязательные;
— R: Рекомендованные.
© ISO 2013 – Все права сохраняются 5
Таблица 1 Требования и руководящие указания для обеспечения качества результатов
испытания
ШТАТ
Все сотрудники, выполняющие конкретные задачи, должны иметь квалификацию на основе соответствующего
уровня образования, обучения, опыта и/или проверенной компетентности согласно требуемым навыкам,
ориентированным на задачу.
Критерии Требование (C или R)
Обучение использованию оборудования C
Обращение с химикатами C
Сотрудники, ответственные за представление мнений и
интерпретаций, должны быть хорошо знакомы с различными
генетическими структурами и используемыми системами семенной C
продуктивности, для того чтобы дать заказчикам совет и/или
предложить способы по интерпретации результатов.
ОБОРУДОВАНИЕ
Техническое обслуживание всех приборов и оборудования должно проводиться по инструкциям изготовителя.
Подходящие системы для калибровки приборов предоставляются.
...
Questions, Comments and Discussion
Ask us and Technical Secretary will try to provide an answer. You can facilitate discussion about the standard in here.
Loading comments...